使用genbank中的blast功能检验两序列间是否有重排现象

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

基因组在进化过程中往往会发生基因之间的重排，即基因与基因之间的相对位置发生变化。本文模拟三个基因的重排情况，并使用genbank中的blastn suite-2sequences 功能进行检验。

为了图文并貌请下载pdf文件观看

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq

首先准备三条序列分别命名A.fas, B.fas, C.fas (可以到附件中下载)。

将三条序列依次串联成一个整体序列ABC.fas

调整序列串联顺序，生成另外的位置重排的序列ACB.fas, BCA.fas, BAC.fas, CAB.fas, CBA.fas

进入以上链接页面

在参考序列区域（enter query sequence）提交ABC.fas，在目标序列（subject sequency）中提交要检验的序列，最后点击页面左下角的blast按钮。

在分布结果图中，目标中目标序列被分成了三段，说明“可能存在重排”。

再看相对位置图（plot），偏离45度“对角线”的就是发生重排的基因

附件

序列文件