如何一步构建ML树和贝叶斯（bayes）树

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

也许是笔者的主观感受，现在很多构建分子系统发育树的越来越流行ML树和贝叶斯（bayes）树。不论如何，你很可能（往往）要对同一个分子数据同时构建这两种系统发育树，以前我们都是分别构建——把序列保存为phy格式构建ML树，例如

使用PhyML构建系统发育树

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=508298&do=blog&id=465659

然后把序列保存为nex格式使用Bayes树。

那么我们往往会问能不能一步就构建两种系统发育树呢?

答案是可以！

我们注意到构建贝叶斯树除了使用Mrbayes之外，还可以使用PhyloBayes

（见我们的博文“如何使用PhyloBayes快速构建系统发育树” http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=508298&do=blog&id=567710）

后者的优点就是输入格式为phy格式，同时使用一个批处理文件来启动运算。这和我们之前提到过ML树构建软件RAxML不谋而合（http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=508298&do=blog&id=517703）

因此我们可以把两个软件放到同一个文件夹中，如果我们的待分析序列为bear.phy，就可以新建一个命令批处理文件bear.bat，内容如下

raxmlHPC -f a -s bear.phy -n boot2 -m GTRGAMMA -x 1234 -# 1000 -n bear.trees

pb -d bear.phy -nchain 2 100 0.3 50 bear

之后双击bear.bat就是构建两种树了。

祝你科研愉快！