Bat 文件及其妙用

熊荣川

中国科学院成都生物研究所

xiongrongchuan@126.com

1、  什么是bat文件

bat是dos下的批处理文件。首先批处理文件是一个文本文件，这个文件的每一行都是一条DOS命令（大部分时候就好象我们在DOS提示符下执行的命令行一样），你可以使用DOS下的Edit或者Windows的记事本(notepad)等任何文本文件编辑工具创建和修改批处理文件。其次，批处理文件是一种简单的程序，可以通过条件语句(if)和流程控制语句(goto)来控制命令运行的流程，在批处理中也可以使用循环语句(for)来循环执行一条命令。当然，批处理文件的编程能力与C语言等编程语句比起来是十分有限的，也是十分不规范的。批处理的程序语句就是一条条的DOS命令（包括内部命令和外部命令），而批处理的能力主要取决于你所使用的命令。

2、  Bat文件在生物信息学中的应用

很多生物信息学软件都需要在dos环境下运行，如果是一条一条的输入命令，显得非常繁琐，而且往往“一系列”的命令让人记住后面忘了前面，不利于经验和教训的总结，也不利于在出错后往回查找原因。

具体的应用请参照我的两篇博文

用RAxML构建系统发育树并计算节点支持率

http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=508298&do=blog&id=517703

介绍一款可以自动识别基因类型的序列比对软件Muscle

http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=508298&do=blog&id=467550

3、  Bat文件的妙用

Bat批处理命令语句中有很多有趣且有用的命令，这里就“CALL”作一个介绍

“CALL” 主要功能是从一个批处理程序中调用另一个批处理程序，而不会引起第一个批处理的中止。

我们通常会在人休息的时候进行数据运算，比如睡觉的时候，但是往往程序往往不到8个小时（我们平均的睡眠时间）就结束了。机器就闲着了。这时候我们可以在第一个bat文件的末尾调用第二个bat文件，从而第一次运行结束时调用第二个运行。

例如，我们在使用Fasttree程序算树时，可以把下列语句保存为bear2.bat

FastTree -gtr -gamma -log logfile2.txt -nosupport -nt xiong.fas >outfile2.trees

Pause

然后，把下列语句保存为bear.bat

FastTree -gtr -gamma -log logfile.txt -nt xiong.fas >outfile.trees

CALL bear2.bat

Pause

运行，bear.bat，就可以运行两次，生成两个log文件（logfile.txt和logfile2.txt），生成一个有支持率的系统发育树（outfile.trees）和一个没有节点支持率的系统发育树（outfile2.trees）。