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Ubuntu 操作系统没有默认安装 C Shell 和 TC Shell 解释器,要运行 GAMIT/GLOBK 软件,这是必不可少的组件。因此我们首先安装 TC Shell 解释器。在终端中执行以下命令:
sudo apt-get install tcsh
在终端中执行下面的命令以安装 gcc:
sudo apt-get install gcc
在终端中执行下面的命令以安装 libx11-dev:
sudo apt-get install libx11-dev
需要注意的是,gfortran 7 的一个 Bug 会导致编译 GAMIT 10.71 时出现错误,造成安装失败。因此如果你使用的操作系统基于 Ununtu 18.04 LTS 并且要编译 GAMIT 10.71,则不能安装其默认的 gfortran 7。可以使用如下命令安装 gfortran 6:
sudo apt-get install gfortran-6
然后使用如下命令创建指向 gfortran-6 的软链接:
cd /usr/bin
sudo ln -s gfortran-6 gfortran
FTP 客户端工具主要用于被 GAMIT 的数据下载脚本所调用,没有这个程序将无法使用数据下载脚本,执行下面的命令安装 FTP 客户端:
sudo apt-get install ftp
将解压之后的 GAMIT/GLOBK 程序安装包拷贝到你想安装至的位置,此处以 /opt 目录为例。首先利用U盘或者直接从宿主电脑上将gamit10.71安装包拷贝至linux桌面,然后cd命令进入桌面,输入命令:
mv gamit10.71 /opt/
使用 cd 命令进入 /opt 目录,执行命令:
sudo chmod 755 -R gamit10.71
该命令将为 gamit10.71文件夹下的文件分配可执行权限。
进入 gamit 文件夹,执行安装脚本:
./install_software
此时,GAMIT/GLOBK 程序已经开始进行编译之前的文件准备,之后程序会提示
Could not verify path to X11 libraries (libX11.*) from X11LIBPATH in libraries/Makefile.config
Perform a search for paths to X11 libraries and header files? (y/n)
这时,输入 n。打开 libraries 文件夹下的 Makefile.config 文件,gedit命令进行编辑。
# Generic (will work on any system if links in place)
X11LIBPATH /usr/lib/X11
X11INCPATH /usr/include/X11
将其修改为
# Generic (will work on any system if links in place)
X11LIBPATH /usr/lib/
X11INCPATH /usr/include/
再找到:
MAXSIT 80
MAXSAT 32
MAXATM 13
MAXEPC 2880
此处是对 GAMIT 程序解算参数的配置,建议修改为
MAXSIT 99
MAXSAT 32
MAXATM 32
MAXEPC 5760
如果你安装的 GAMIT/GLOBK 程序是较早的版本(10.5 及更早),那么你还需要再找到
# —– for Linux from 0.0.1 to 3.9.5.3 – #
OS_ID Linux 0001 3953
将 “0001” 后面的4位数字(此处的是 3953)修改为你的 Linux 系统内核的版本号的前 4 位。查看系统的 Linux 内核版本可以使用命令:
uname -a
如我的电脑上显示
Linux ubuntu 3.13.0-32-generic #57-Ubuntu SMP Tue Jul 15 03:51:08 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
那么我应该修改 Makefile.config 文件的对应部分为:
# —– for Linux from 0.0.1 to 3.9.5.3 – #
OS_ID Linux 0001 3130
更改以上内容之后,保存。重新执行:
./install_software
之后的一切询问输入 y,安装成功之后会看到提示:
++++++++++++++++
GLOBK installed
++++++++++++++++
安装过程中会提示如下错误:因为先安装了gfortran-7。Gamit10.7只能用gfortran-6。
处理方法:
先安装make
apt-get install make
然后卸载gfortran-7
sudo apt-get remove gfortran-7
然后安装gfortran-6
sudo apt-get install gfortran-6
然后使用如下命令创建指向 gfortran-6 的软链接:
cd /usr/bin
sudo ln -s gfortran-6 gfortran
进入etc文件夹
cd /etc
gedit csh.cshrc
在底部添加以下代码:
set gg = /opt/gamit10.71
setenv PATH "$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$gg/com:$PATH"
setenv HELP_DIR $gg/help/
然后运行如下代码:
source ~/.cshrc
然后保存。
继续输入
gedit ~/.bashrc
在底部添加以下代码
gg="/opt/gamit10.71"
export PATH="$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$gg/com:$PATH"
export HELP_DIR=$gg/help/
然后运行如下代码:
source ~/.bashrc
然后保存。
在终端输入 doy,如果提示
证明安装成功。
为了保险起见,输入
ru root
输入root密码
输入doy应该有如上一样的提示才真正安装完成。
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