这段时间任务很重,存储空间不足,新增存储并重新做了服务器的系统。由于之前对服务器方面了解不多,也是边摸索边设置。
ubuntu server 系统还是第一次安装和使用,中间遇到了一些问题,内容有点小儿科,主要目的记录过程,以备日后有所需。现将简单整理如下:
1. 系统的安装
光驱启动,一步步的默认安装就可以了,这里不做过多说明。
2. 网络配置
一般服务器还是要有一个固定的ip以方便访问,配置过程记录如下:
(1) IP设置,修改配置文件 /etc/network/interfaces
$ sudo vi /etc/network/interfaces
auto eth0
iface eth0 inet static
address 192.168.1.120
netmask 255.255.255.0
gateway 192.168.1.254
(2) DNS设置,修改配置文件 /etc/resolv.conf
$ sudo vi /etc/resolv.conf
nameserver 192.168.1.254
(3) 重新启动网络服务
$ sudo /etc/init.d/networking restart
3. 软件安装及编译环境
(1) 系统更新及基本软件,很喜欢ubuntu的一个重要原因就是资源比较丰富,安装好用方便。
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade
$ sudo apt-get install vim emace bioperl openssh-server openssh-client
当然如果喜欢方便,对版本没有过多要求,对然间编译比较恼火的朋友,可以通过这样的方式找到一些相关的软件,如:blast maq bwa samtool velvet 等等生物信息学相关软件。
(2) 编译环境
$ sudo apt-get install build-essential
我们经常用到的gcc g++ make 等一系列的环境和相关lib都将根据依赖关系安装。至于一些个帮助文档我并没有安装,因为我不习惯全部的开发过程都放在服务器上进行,而是在个人电脑上安装的。
在后面编译 bwa 和samtool的时候发现缺少zlib.h,需要安装如下包
$ sudo apt-get install zlib1g-dev
4. 服务配置与优化
安装软件sysv-rc-conf,是一个很好用的服务管理软件,比较直观、方便、强大 ……
$ sudo apt-get install sysv-rc-conf
$ sudo sysv-rc-conf
具体的服务信息就不罗列了,如有需要可以简单检索一下,然后根据不同的服务需求而进行取舍吧!
5. 其他设置
(1) 添加用户
$ sudo useradd -g bioteam -s /bin/bash userName
$ sudo passwd userName
(2) bash配置
$ vim ~/.bashrc or ~/.bash_profile
(3) vim 配置
$ vim ~/.vimrc
(4) 关机命令
$ sudo shutdown -h now
由以上内容可以看出与一般的linux安装大同小异,具体的集群配置和SGE队列管理软件的安装待以后慢慢讨论吧!
https://blog.sciencenet.cn/blog-506178-396004.html
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