目前在呼肠孤病毒科中已设立了15个属：

此外，还有一些呼肠孤病毒的分类地位待确定（Unassigned Reoviridae），如茶尺蠖呼肠孤病毒（Operophtera brumata reovirus），以及诸多甲壳动物呼肠孤病毒。在早期的文献中，曾经将甲壳动物呼肠孤病毒划分在水生呼肠孤病毒属中，现在看来，甲壳动物呼肠孤病毒不仅宿主与水生呼肠孤病毒属不同，而且病毒粒子的形态结构、基因组节段数等方面也有较大差异。

Cardoreovirus的超微结构：
负染电镜下，EsRV905为无囊膜的球状病毒粒子，直径约55nm，完整的病毒粒子有一电子致密的核心，直径约30nm。核衣壳厚约7nm。

呼肠孤病毒科已经有一些病毒的三维结构通过低温电镜的方法得到测定。如草鱼出血病病毒等。根据Sedoreovirinae亚科病毒的结构特点，模拟EsRV905的三维结构模式如下：