席鹏的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/xipeng1

博文

生物学家能修好收音机吗? 精选

已有 17382 次阅读 2017-5-8 12:34 |系统分类:观点评述

生物学家能修好收音机吗?

席鹏

北京大学

201758

各位有听说过,发表了的文章还能再发表吗?而且,还不是一稿多投或者学术不端?今天给大家讲的,就是这样一个故事。

Lazebnik, Y. (2002). Can a biologist fix a radio?—Or,what I learned while studying apoptosis. Cancer cell, 2(3),179-182.

http://link.springer.com/article/10.1007/s10541-005-0013-7

在这篇二次发表中,编辑在摘要里提到:虽然这篇文章已经在Cancer CellUspekhiGerontologii分别以英文和俄文发表,但是,我们有不同的读者群。而且,这体现了Yuri Lazebnik这篇文章的非凡意义。

This article by Yu. Lazebnik, “Can a Biologist Fix aRadio? — or, What I Learned while Studying Apoptosis” has already beenpublished in English (Cancer Cell, 2002, 2, 179–182) and in Russian (Uspekhi Gerontologii, 2003, No. 12, 166–171). Nevertheless, we have undertakenits secondary publication in our journal for two reasons: first, our journalhas different readers, and, second, the great significance of this manifest ofYuri Lazebnik.


好吧,歪果仁的世界我们看不懂,让我们还是回到文章的内容吧。

在这篇文章里,作者从一个全新的角度,来审视目前生物学家做科研的方法。为了让大家都能明白,他用修收音机来进行类比。概念上,收音机和生物信号传递通路非常类似,均是将一类信号转换为另一种形式。

   对于修收音机的这个任务,生物学家会采用什么研究手段呢?作者提到:

1.       首先,争取经费买一堆收音机;拆开观察其不同形状;

2.       然后,拆掉其中一个元件(产生一个phenotype)。在这个过程当中,一个幸运的博士后拆掉一根导线,发现完全阻止了电磁波-声波的转换。他会将其命名为Serendipitous Recovered Component(Src)。同时,他发现Src是整个装置必要的,因为它是唯一一个连接长条状物体(天线)和其余部分的通路。这个长条状物体于是被命名为Most Important Component(Mic)。由此可以展开一系列的研究,显示这一物体应该由金属构成,且可伸缩,比收音机本体还长,长度越长越具有优越性;并从进化论的角度,解释为何将这一结构进化为可伸缩结构。Mic的研究进入了鼎盛时期。

3.       然而过了一段时间,从另一个实验室走出的一名执着的研究生发现,在收音机内部还有一种长条状的物体,对于这一转换也是至关重要的。让发现者非常兴奋,同时也让热火朝天的Mic领域的研究者们严重质疑的一个现象是,这一长条状结构由石墨构成,同时改变它的长度将不会明显改变整个系统的表现。这个研究生接着证明,Mic其实并不是完全必要的;因此将他的发现命名为Ric (Really ImportantComponent).这一争论将分为两派,一派通过实验证明在某些收音机型号中Mic的存在,而另一派则在同一型号的收音机中,发现了Ric

4.       这个争论会一直延续,直到有一天,一个非常聪明的博后发现,有一个红色的装置一按就会彻底停止电磁-声转换,他会将这一开关命名为Undoubtly Most ImportantComponent (U-Mic)

5.       受到这些争论的启发,许多科学家参与进了这一研究。为了系统地研究,其中一个军团将这些收音机全部打碎,并检测其中所有片段,将这些片段读出(基因组测序),并给出其在组学中的作用。


1  收音机的生物学研究方法。缩略语所代表的意义见文中解释。

之所以会有这样一个研究的套路,作者给出的解释是:生命学家缺乏一套基本的语言,而由于电子学家采用了统一的语言,因此他们的沟通更高效,描述也更精确。


2  收音机的生物学描述(A)和电子学描述(B)

我认为,这一研究方案之所以如此,其根本原因在于,物理学家和生命学家对于问题的思路是截然不同的:物理学是自底向上的,先有了最基本的力热光电,然后才有更先进的原子力、光谱、微波等,然后是量子科学。这就像是盖房子,先打好了地基,然后是柱梁,一层层往上。以手机为例,我们先掌握了基本的电容电阻,然后是晶体管-电子管-三极管-逻辑电路,接下来是大规模集成电路,最后把主板、触摸屏、微型化相机、蓝牙、陀螺仪、GPS等集成起来,才成为现有的手机。

而生物学家呢?他们研究的主体,是人体和模式动物(如鼠、猴等)。刚开始就是最复杂的东西。哪怕对于鼠脑这样一个五毛硬币大的组织,由于其高度复杂性,我们现在一是不知道它是怎么连接的(硬件层面),二是不知道它是怎么运作的(软件层面)。


由于一无所知,我们在看到这个东西时,其研究方法就会和原始人拿到一部手机非常类似:

1.      我们先对其进行解刨(有螺丝刀就可以部分拆解,没有就直接用石头砸开),发现手机可以分为不同的部件;

2.      对每一个部件,我们发现其中有物理的线连着(类似神经);

3.      每一个部件由很多元器件构成(类似细胞),但这些元器件既有共通点,又有很大的区别(细胞的差异);

4.      这些部件之间的连接具有逻辑性(正在发展的脑连接组学)。

原始人对于一部手机的认识,可能会随着螺丝刀的水平进化(更精确的分解手段)而不断提升;但是,根本的核心,是能够把这些装回去,或者更进一步,能够制造一个简单的电路,并了解其功能。

幸运的是,现在生命科学已经开始朝着正确的方向迈进了。

l  抄作业时代199675日,英国科学家伊恩·威尔穆特博士成功克隆出小羊多利。多利是用已经分化的成熟的体细胞核(乳腺细胞),通过核移植技术,将基因转移到卵细胞中克隆出的羊。


3克隆羊多利的产生过程。

这个技术说白了,就是上帝写了一份DNA密码,科学家能够从细胞核里把它扒拉出来,然后放进上帝创造的卵细胞里面,再放进自然的子宫里面进行借腹生子。这个DNA密码是什么,或者用的什么语言,我们一无所知。

l  组词造句时代:2016324日,美国加州的科学狂人克雷格·文特尔(Craig Venter)博士在Science上发表重磅论文,描述了他们用473个基因构成的Syn3.0合成生命。


4 Syn3.0---人造生命的始祖。

这个技术开始通过精简、重设计上帝给的DNA,实现了一种以前从未有过的生命---虽然它仅仅是一种非常低级的生命体,但是这表明,我们人类开始能够设计生命了。

l  混合生命体时代:发明无人驾驶车特斯拉(Tesla)、太空探索科技公司SpaceX的美国企业家马斯克(Elon Musk)2017327日宣布,将成立一间新公司Neuralink,这一次他希望可以让人脑与机器结合,把人脑当作一部机器,或许在不远的将来可以上传和下载人们的思想。


5  未来科学家Elon MuskNeuralink,将人脑和机器连接在一起。

这一新闻本身没有太大的新意,因为脑机接口这样的概念早就出现过。可是,当这条新闻与人工智能AI---AlphaGo完胜世界各地围棋高手结合在一起时,这真正代表着一个新的时代的开启。

这是因为,过去机器就是一傻子,谁会愿意跟它接在一起?现在,机器的智力超越了人类,我们是否愿意与它连接?因为一旦实现连接,我们将拥有超高速的思维超能力,将能够把眼所见的、心所想的、梦里看到的全都记录下来,甚至超越肉体的死亡所带来的局限。

听上去好诱人的样子。它的代价是,你的思维将会有机器的影子----如果机器产生善恶、美丑、对错,这些会直接变成你的决定。对于另一个比你聪明的个体,你是否愿意交出控制权呢?

参考文献:

原文请见:http://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(02)00133-2

多利:https://www.nature.com/nature/journal/v385/n6619/abs/385810a0.html

Syn3.0: http://science.sciencemag.org/content/329/5987/52

Neuralink: https://www.technologyreview.com/s/604037/meet-the-guys-who-sold-neuralink-to-elon-musk-without-even-realizing-it/

Google AlphaGo:

https://www.nature.com/nature/journal/v529/n7587/full/nature16961.html




https://blog.sciencenet.cn/blog-499502-1053651.html

上一篇:钱永健自传
下一篇:叠罗汉--站在巨人的肩膀上
收藏 IP: 124.205.77.*| 热度|

38 李颖业 吴炬 周健 赵振明 陈南晖 张建 罗汉江 田峰 朱鸿源 余国志 李红雨 张海霞 梅卫平 文克玲 李学宽 姬扬 武夷山 张磊 皮江 应行仁 刘俊华 李泳 印大中 杨文斌 王春艳 刘钢 蔡志全 杨新铁 icgwang loyalSciencefan doctor5 xiyouxiyou xlsd biofans aliala yzqts xchen lkkkk

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (26 个评论)

IP: 123.114.183.*   回复 | 赞 +1 [22]都世民   2017-5-9 13:52
谢谢回复!文中的方法是修电子设备的方法之一。如今集成度很高时,家电设备不宜自修。但军用电子设备必须修,只有换集成块和模板。但人体治病有时可行,有时不行,甚至会死亡。
IP: 124.65.133.*   回复 | 赞 +1 [21]张磊   2017-5-9 13:00
传统生物学三大基石:进化论本质是自然神论, 基因已沦为科学宿命论, 细胞论则是活力论翻版

现代生物学三大基石:系统生物学以数学为基础, 结构生物学以物理学为基础,合成生物学以工程设计为基础。
IP: 159.226.67.*   回复 | 赞 +1 [20]doctor5   2017-5-9 12:37
[16]侯德鑫  2017-5-9 07:55
在电气领域,我们已经可以自主设计;在生物领域,我们还在山寨上帝的作品,所以用的是逆向工程的方法,这当然和自主设计不同。
博主回复(2017-5-9 08:31):您说的非常对。问题是,生物学家现在没有意识到应该做逆向工程。我希望这篇文章能够让少部分读者能够突破自己原有的“生物学套路”,加入逆向工程的行列,而不是停留在敲除-观察的水平上。
----------------
生物学家现在还停留在瞎估摸的阶段,水平与工程研究不可比。
IP: 160.16.242.*   回复 | 赞 +1 [19]王秦虎   2017-5-9 10:58
感谢席老师的介绍,该文确实很具启发意义。但任何学科都有其特点和特殊性,比喻,举例都不是科学证明,虽然形象,但容易让人误解。看植物病理学家 Sophien Kamoun 对该隐喻的观点:他认为 1. 生物体像智能手机一样,软件(基因组)和硬件(物种本身)分离;2. 生物体不是优化设计的,是受历史和进化约束的。他认为生物学家可以通过破解和编辑基因组来破解它。见 Kamoun, BMC Biology (2017) 15:37. doi 10.1186/s12915-017-0378-2 URL: https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-017-0378-2
IP: 120.196.145.*   回复 | 赞 +1 [18]印大中   2017-5-9 08:59
关于生物信息传导体系,针对“经络现象”的假说与探索就是一个很生动的例子。
正确的思路在开展了充分的还原分析之后集大成!
关于“经络现象的321集成理论”可参阅:从“植物神经生物学”和动物神经进化看经络的生物学本质
http://wenku.baidu.com/link?url=QKqbwDE9gHX6FYXXbPs0IDW3Sm4HRoK1xkfHCjXjFarNxy--GKgQDeAFdluLiMowXEJcaHkRPhevelRi714bGiCcCQoOEawHsAPU-Vs8x8W
IP: 219.143.118.*   回复 | 赞 +1 [17]Global001   2017-5-9 08:44
比喻很形象,但不同学科之间不可类比。
IP: 124.160.24.*   回复 | 赞 +1 [16]侯德鑫   2017-5-9 07:55
在电气领域,我们已经可以自主设计;在生物领域,我们还在山寨上帝的作品,所以用的是逆向工程的方法,这当然和自主设计不同。
回复  您说的非常对。问题是,生物学家现在没有意识到应该做逆向工程。我希望这篇文章能够让少部分读者能够突破自己原有的“生物学套路”,加入逆向工程的行列,而不是停留在敲除-观察的水平上。
2017-5-9 08:311 楼(回复楼主) 赞 +1 | 回复
IP: 116.232.226.*   回复 | 赞 +1 [15]王大元   2017-5-8 22:55
希先生: 我是生物学专业的, 对无线电略知一二, 是个业余无线电爱好者, 60年前修个什么7管晶体管或电子管收音机就不再话下了。你的那个“图2  收音机的生物学描述(A)和电子学描述(B)”的B我完全能够看懂, 也可以计算RCL电路中各个元件参数的选择。有时间的话, 明日我专门写一篇。 现在就是想说, 生物学的过程绝非一个电子管, 或晶体管电路, 或现在的一个集成电路块所能简单说明的。 例如你这个图B中的TR1的集电极的R4(10k)-R3(100R)-R1(68k)又回到三极管TR1的基极这个反馈回路, 有可能造成正反馈或者负反馈, 可以削弱或增加啸叫。 在生物学过程中这个反馈作用非常复杂, 可以在你说的DNA或RNA合成途径中起作用, 但也可以在DNA和蛋白之外的代谢途径中起作用, 例如三羧酸循环或光合作用卡尔文循环中的某一中间代谢产物积累, 反馈到前一个或前二个代谢时, 如果是正反馈, 就可能造成在那一个过程中代谢产物的积累(有可能产生疾病)。 另外,收音机是音频的, 电视机是色频的, 滤波器还要考虑光波的频率(你这个电路只有2个电感线圈)。 所以生物过程极为复杂, 不可能简化为晶体管或电子管的过程来分析的。
我的看法不一定对, 就是表达一下个人看法而已。
回复  非常感谢王老师的点评!关于语言这一块,我回头专门撰文说明。
其实我也并不完全认同原作者的“语言”这个答案,所以我是从思路的方式进行说明的。
当然,当我们(原始人)看到一个细胞(手机)的时候,共同的感受就是:这太复杂了。因为他们超越了我们所能理解的极限。
2017-5-9 08:351 楼(回复楼主) 赞 +1 | 回复
IP: 221.216.153.*   回复 | 赞 +1 [14]都世民   2017-5-8 21:25
对生物学家的看法不能太偏激,其原因是生物学集中在微纳层面,过去人们不知道细胞及细胞群体这些结构和关联。如今知道视网膜上是二类視细胞及其网络连接。但看不见连接方式,就用电脑映射,这是虚拟的,想用此法研究大脑,太玄了!确实别的学科看不见,生物学看见任何现象都可以是发明,是“开关”、治病和治癌,到头来病人反而多了,令人深思!楼主这篇文章不全面,对生物学家不公。
回复  非常感谢都教授的点评!我一直是做超分辨的,就是希望通过显微技术的发展,让我们能够看得更清。
在过去,的确是技术制约了我们在微纳尺度的研究深度。但是,现在生命科学的发展,我们(特别是施一公、颜宁等科学家)已经到了能够看清生物大分子构象的时代。从这个基础上,不再敲除,而是去设计一些生物大分子甚至生命体,可能是更有时代意义的事情。
2017-5-9 08:411 楼(回复楼主) 赞 +1 | 回复
IP: 163.177.94.*   回复 | 赞 +1 [13]puhj   2017-5-8 20:46
所以搞生物学的在物理学家看来就不算严格意义上的‘科学’。直甩脑壳。
IP: 111.58.223.*   回复 | 赞 +1 [12]transfer   2017-5-8 20:35
搞物理的人不懂生命的复杂性,都是典型的还原论者
回复  非常感谢您的点评!
当我们(原始人)看到一个细胞(手机)的时候,共同的感受就是:这太复杂了。因为他们超越了我们所能理解的极限。
理解不了,我们就还原不了。

但是,现在生命科学的发展,我们(特别是施一公、颜宁等科学家)已经到了能够看清生物大分子构象的时代。从这个基础上,不再敲除,而是去设计一些生物大分子甚至生命体,可能是更有时代意义的事情。
2017-5-9 08:381 楼(回复楼主) 赞 +1 | 回复
IP: 183.191.151.*   回复 | 赞 +1 [11]李学宽   2017-5-8 20:22
有意思!感觉与没有元素周期表时的化学界相似
IP: 103.77.56.*   回复 | 赞 +1 [10]doctor5   2017-5-8 18:31
貌似8楼老师没有完全理解博主老师这篇文章的意思啊。
IP: 124.238.73.*   回复 | 赞 +1 [9]yao101yao   2017-5-8 18:18
我举得三楼的看法很有针对性,直指你说的问题的核心
IP: 183.63.97.*   回复 | 赞 +1 [8]李东风   2017-5-8 18:10
无线电专家未必会修收音机,真菌专家未必会种蘑菇。凭什么要求生物学家会修收音机?反之,要求无线电专家会养鱼?隔行如隔山,理论与技术是两回事。
IP: 159.226.67.*   回复 | 赞 +1 [7]doctor5   2017-5-8 17:22
[1]loyalSciencefan  2017-5-8 14:52
所以说,生物医学今天一个重大发现,明天一个重大突破;今天发现了ras,明天发现了P53,后天完成了基因组测序,大后天搞了个什么结构,每一次都是欢呼雀跃,好像疾病攻克了,到头来,啥问题也解决不了。真是那句话“生物医学缺乏理论指导,遍地找黄金”!
------------
没错!生物学家永远修不好一台哪怕是简单的收音机,因为它们所做的“研究”一直都是瞎子摸大象的工作。
IP: 159.226.67.*   回复 | 赞 +1 [6]doctor5   2017-5-8 17:20
文章很有趣!
如果将第二个带问号的图换成在Cancer Cell上发文的作者Yuri Lazebnik的图像则效果更佳!
IP: 219.216.176.*   回复 | 赞 +1 [5]游奎   2017-5-8 16:15
Reasonable!
IP: 101.24.51.*   回复 | 赞 +1 [4]liangzx   2017-5-8 16:14
好形象的比喻!
IP: 125.34.25.*   回复 | 赞 +1 [3]都世民   2017-5-8 15:47
这是因为,过去机器就是一傻子,谁会愿意跟它接在一起?现在,机器的智力超越了人类,我们是否愿意与它连接?因为一旦实现连接,我们将拥有超高速的思维“超能力”,将能够把眼所见的、心所想的、梦里看到的全都记录下来,甚至超越肉体的死亡所带来的局限。
这一段话对人工智能的看法不准确。但全文思路符合电子学科的学者学习和研究生命科学。请注意电子学的历史远超生物学。要说清生物学家研究思路也很难。对细脆这个基本单元的研究如何像电子学的电阻、电容一样,组成电路,再集成模块,这就是“基因”。控制基因是电脑。可是人体基因由什么控制?是个谜!
IP: 210.72.80.*   回复 | 赞 +1 [2]郭新磊   2017-5-8 15:17
比喻精当,写的漂亮!
IP: 60.216.4.*   回复 | 赞 +1 [1]loyalSciencefan   2017-5-8 14:52
所以说,生物医学今天一个重大发现,明天一个重大突破;今天发现了ras,明天发现了P53,后天完成了基因组测序,大后天搞了个什么结构,每一次都是欢呼雀跃,好像疾病攻克了,到头来,啥问题也解决不了。真是那句话“生物医学缺乏理论指导,遍地找黄金”!

1/1 | 总计:22 | 首页 | 上一页 | 下一页 | 末页 | 跳转

扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2025-3-11 14:42

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007-2025 中国科学报社

返回顶部