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文献导读-------RNA研究新思路
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作者：中国人 来自哈佛大学和斯坦福大学
期刊 science
观点：发现长非编码RNA可以作为脚手架把两个表观修饰的酶联合在一起，从而调控基因的转录
题目：Long Noncoding RNA as Modular Scaffold of Histone Modification Complexes
研究背景及主要发现：lncRNA在表观遗传学中发挥了作用如剂量补偿效应中，还有一些lncRNA的作用原理未被阐述，作者在这篇文章中，介绍了lncRNA的一个新的作用机制，就是lncRNA有不同的区域，不同的区域可以结合两种不同的蛋白复合物，这里作者介绍了lncRNA HOTAIR可以集合甲基化酶和去甲基化酶，从而动态的控制与发育和疾病有关的基因的变化。
研究思路：作者主要从三个层次进行研究
1 HOTAIR作为一个中间媒介，能把PCR2和LSTI俩个蛋白质复合物连在一起，复合物和HOTAIR的链接位置在哪里
2 两个蛋白结合的DNA部位在那里
3 这两个蛋白质复合物的功能是什么
一 一些基本的问题
1 什么是二价区
在发育过程中，有些基因是受到动态调节的，如在抑制状态H3K4和H3K27是甲基化的，在细胞分化过程中它们中有一个去甲基化
2 lcnRNA HOTAIR是哪里来的？
它是与发育有关多基因家做的一个HOXC转录而来
3 HOTAIR有什么功能？
以前的研究表明，它的作用物质是PRC2
4 PRC2是什么？
它就是调节二价区甲基化有关的复合物，他能使HOXD基因沉默，而LSDI也能使得HOXD基因沉默
5 那么三者之间有什么关系
作者想到了，这里的HOTAIRA可能四个中间媒介把 PCR2和LSDI连在一起，其中PCR2复合物由EZH2/SUZ12/EED组成。
二 作者的实验思路
1 要证明是 HOTAIR和那两个蛋白质复合物结合而不是其他的RNA，还有证明是直接和蛋白质结合还是又有中间物质
作者做了几个实验对照，包括选择另一种RNA做对照，其它蛋白质作对照，结果发现它们确实能直接结合在一起。
2 要去验证它们相互结合的位点
作者做了一系列的突变实验，最终表明PCR2是结合在5‘端，而LSDI是结合在3’端
3 最有意思的是，它们用EZH2去拉LSDI能够拉下来，用LSDI去拉EZH2也能拉下来（一个去甲基化酶，一个甲基化酶），这表明两个复合体是有重叠的
4 最后又做了一些结合到DNA上的一些研究，找了结合DNA序列的一些规律，SUZ12再结合DNA中是必须的，复合物中不同的部分发挥着不同的作用
三 总结
这篇文章比较新颖，第一次阐述了lncRNA 新的作用机制，这向我们又一次表明了RNA的重要性，我想lncRNA作为脚手架是在它高级结构上发挥生物学作用的，而我们现在用到的很多技术是在一级结构上
我们可以设计具有高级结构的RNA，研究它们的功能或者作为一种新的工具帮助我们研究生命现象
这种高阶结构的RNA可以结合生物信息学的方法设计出来
https://blog.sciencenet.cn/blog-497687-431309.html
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