Hohenlohe等（2010）应用RAD技术对三刺鱼(Gasterosteus aculeatus)的自然群体(2个海洋和3个淡水群体的100个个体)间核苷酸的差异和区别进行了基因组范围的扫描, 每个个体获得45,000多个SNPs，并在群体基因组水平上扫描确认了先前鉴定出来的适应性重要的基因组区域，表明自然群体中这些区域的特殊进化和群体组成历史，并鉴定出新的基因组区域和重要进化候选基因。

Population Genomics of Parallel Adaptation in Threespine Stickleback using Sequenced RAD Tags（三刺鱼 群体进化 PLoS genetics).pdf

Emerson等（2010）应用RAD技术所得SNPs获得21个瓶草蚊（Wyeomyia smithii）的系统发生树，揭示了起源于22000年到19000年前劳伦冰盖衰退期间的阿巴拉契亚山脉南部的瓶草蚊先前未确定的遗传结构和进化演变方向。