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xyz轨迹文件距离分析

已有 3779 次阅读 2018-4-19 11:30 |个人分类:分子模拟|系统分类:科研笔记| xyz, 距离, vmd, xyz

计算xyz轨迹文件中两个groups之间的距离:

方法1:

将xyz文件转换成xtc文件, 使用trj_xyz2xtc.exe(win下)或mytrj_xyz2xtc.dat(Unix下)


方法2:

opt优化过程的xyz没有时间项,可以用vmd来算。

有现成写好的脚本:

https://github.com/ipudu/useful-vmd-scripts/blob/master/distance.tcl

注意这并不是一个proc函数,而是一个脚本,需要修改头部参数,然后source distance.tcl



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