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蛋白质组学为主,其它组学为辅,多组学整合解析急性髓系白血病

已有 737 次阅读 2023-7-8 17:00 |系统分类:科研笔记

    2022年德国Thomas Oellerich, Matthias Mann, Hubert Serve等团队合作在Cancer Cell杂志发表了题为The proteogenomic subtypes of acute myeloid leukemia的研究论文。其中Matthias Mann为目前蛋白质组学领域的领军人物。该研究以蛋白质组学方法为主,并在其基础上整合了基因组学,转录组学,染色体核型, 临床信息等多维数据,描绘了急性髓系白血病的蛋白组-基因组图谱。

    急性髓系白血病(AML)是一种预后较差的侵袭性血液系统癌症。为了获取更好的诊断标记和治疗靶点,该研究收集了252个AML病人骨髓样本,展开了蛋白质组-基因组解析。利用DIA非标蛋白质组表达谱,AML病人分成了5大疾病亚型,分别具有各自亚型特异的生物学特征。这些生物学特征与基因组信息无关,是蛋白质组数据赋予的特征。其中一种亚型Mito-AML具有较差的预后,低缓解率,较短的生存时间,无基因组突变偏好。Mito-AML亚型病人的典型特征为高表达线粒体蛋白。功能实验揭示了Mito-AML亚型处于代谢紊乱状态,倾向于更强的复合体I依赖的呼吸,对于BCL2抑制剂维奈克拉药物更为敏感。

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述评:该研究主打蛋白质组学的发现,整合其它组学数据,再次体现出蛋白质组学数据在临床分型,诊断标记和治疗靶点方面的优越性。AML疾病过往的研究集中在利用基因突变分型,对于AML临床异质性问题悬而未决。基因突变分型与临床预后的不对等,突变效应的不可制药性,无目的的联合用药,应答预测标记物的缺乏等等因素,倒逼AML的蛋白质组学解析。以蛋白质组为主,整合其它组学的研究方法势必引领未来临床研究。

参考文献:The proteogenomic subtypes of acute myeloid leukemia. Cancer Cell. 2022 Mar 14;40(3):301-317.e12. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35245447/)


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