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使用Gaussian的log文件和RRKM理论计算速率常数

已有 19927 次阅读 2012-6-12 09:47 |个人分类:Gaussian|系统分类:科研笔记| 计算, 程序, 中间体

rrmk.in 和rrkm2.in是两个输入文件,分别用于计算下列两种情况:
1. 两分子碰撞得到中间体,经过渡态得到产物。
    通过分子的质量和相对速度计算碰撞能,并考虑温度对初始能量的贡献。
2. 已知中间体和反应的初始能量,经过渡态得到产物。
    手工设置初始能量,程序计算中不考虑温度。
程序默认读取rrkm.in,如需使用rrkm2.in,需要删除当前目录下的rrkm.in。
 
rrkm是可执行程序,chmod +x rrkm 后,直接./rrkm运行即可。
 
run-rrkm.sh是一个脚本,可自行做修改,用来计算多个温度,碰撞速度下的情况。
 
附件是Linux下可执行文件。
我们的论文中有对RRKM的一般性描述:
Wu, X.-N., Y.-X. Zhao, S.-G. He and X.-L. Ding (2009). "Experimental and Theoretical Study of Hydrogen Atom Abstraction from Ethylene by Stoichiometric Zirconium Oxide Clusters." Chinese Journal of Chemical Physics 22(6): 635-641.

RRKM-Gaussian.rar

 
 


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