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文章的标题为:水稻Os09g24220基因插入突变体的分子鉴定与农艺性状分析(全文可以在里获得http://yunpan.cn/Q7qs6RZFbdJcW (提取码:ea8a))。
有朋友让我帮他找这个基因。我想这不是一件非常简单的事情吗?于是我到了这个网站:http://rapdblegacy.dna.affrc.go.jp/viewer/gbrowse/build5/?name=chr01%3A1..50000
输入基因名Os09g24220,但是没有结果。一开始我以为是注释数据的版本的问题,所以又在以前版本的预测基因中搜索当然结果是一样的。再用文章中提供的引物,在NCBI进行BLAST,发现blast上的基因为:Os09g0407600. 这个才是它真正的编号。于是,我想可能作者是把数据库搞错了,所以又用LOC_Os09g24220在,这个网站来搜索(http://rice.plantbiology.msu.edu/cgi-bin/gbrowse/rice/)。这下能搜出来了,而且和文中的描述相符.再换个网站搜下(www.gramene.org),可以更清楚的显示这两个基因编号间的关系(http://ensembl.gramene.org/Oryza_sativa/Gene/Summary?db=otherfeatures;g=LOC_Os09g24220;r=9:14378100-14386813;t=LOC_Os09g24220.1)。
所以:Os09g24220是个错误的写法:正确的写法是:LOC_Os09g24220或者Os09g0407600。幸好RAP-DB中没有Os09g24220这个基因,如果有的话,那就有点误导人了。
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