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如果是用的windows系统,可能不会出现这样的问题,我的primer3在windows下也没遇到这样的问题,linux系统有可能遇到。
当我遇到这个问题时,搜到下面这个链接的帖子:
http://bio-spring.info/wp/?p=211
这个帖子的解决问题的思路是对的,只是时间比较早了。那时来进行引物设计的模块为(或者是他用的模块):Bio::PrimerDesigner::primer3。我用的模块为Bio::Tools::Run::Primer3,这个模块的位置是:/usr/share/perl5/Bio/Tools/Run/Primer3.pm.所以得对这个Primer3.pm文件下手。如果不知道Bio文件夹的位置可以这样搜:find /usr -name Bio.要修改这个文件得这样:sudo vim Primer3.pm(也就是要获得超级用户的权限)。需要修改的位置为(我粘贴出来的是我改过以后的):
1:
push (@input, ("PRIMER_SEQUENCE_ID=".$self->{'seqobject'}->id)(第268行,这行不需要改),
("SEQUENCE_TEMPLATE=".$self->{'seqobject'}->seq)(第269行)
2:
$self->{'seqobject'}->id),("SEQUENCE_TEMPLATE=".$self->{'seqobject'}->seq));(第369行)
3:
if ($input =~ /SEQUENCE_TEMPLATE(.*)/) {$sequencelength=length($1)}(第385行)
4:
'SEQUENCE_TEMPLATE'=>'(nucleotide sequence, REQUIRED) The sequence itself. Cannot contain newlines',(第585行)
这4处修改以后,保存就可以正常运行了。这东西我也折腾了点时间。其实问题的解决主要来自于下面两个例子的比较:
example1文件内容:
SEQUENCE_ID=example
SEQUENCE_TEMPLATE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG
SEQUENCE_TARGET=37,21
PRIMER_TASK=pick_detection_primers
PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER=1
PRIMER_OPT_SIZE=18
PRIMER_MIN_SIZE=15
PRIMER_MAX_SIZE=21
PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED=1
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=75-100
P3_FILE_FLAG=1
SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION=37,21
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1
=
........................
example2 文件内容
PRIMER_SEQUENCE_ID=chr01|13101chr01_2772263:2772992
SEQUENCE=GATGATGAGACTACTGAAGAGGTACTCAATCTTTTTTTACCATTCATTTGTCCTGCTGGAGCACTGTGTAGTAGACAGTTCAAGCTAGTCATCTTAGAAAATCACTATTCCCCTTAAAATAGTCCGTGTGAATCATAACAAATTTCAATTACTGATGTAAAACGGACAGCAGGGAGGACCTGAGGAAAGATACAATTCCAGTAGCAACAAGAAACTTCCAAATTACTCCGGAAAGAAGGGCAAAAGATCAAAGAGGAAGCGCATGGTTCAGTAGGTGTGACAGAACCTGATTGGATTTCATTTTTGTCATTACTGGTAAGTACTATGAACACACAAACACCTTTTTATAAAGAAGCTCACTAGCTTATTTGAATTCTGGAGTTCATGTTTTTTAAGTGGCAAAAAAGAAAGGTTTATACTCTATCTTATCATATGTCCTTGATCAATTGGTGTTAATGTCATGTACATTTACAAATACAGGTTAATTCAGTTGGCCAGTACGGTTGTGTAGTTGATCTCGGACACAATTTTGATGATCAGTTGGGAAGGCTAATCTTCAGGTGCAGGACAGACACGAAACATTCCAGTGGTACAGGTGTTTTGCTGGCACACAGCAAGATGAAAATAGTTCAGTACACTACAATAGGTTTGAGAGGATAGGCATGGCTTGAGTATGTGCTACAACATAAGAGTAGTACACAAATTATTCTTGTGCTACTCTGCAATG
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=80-120
PRIMER_MIN_TM=50
TARGET=150,24
PRIMER_OPT_TM=55
PRIMER_MAX_TM=60
INCLUDED_REGION=40,120
PRIMER_NUM_RETURN=1
=
在命令行使用:primer3_core <example1和primer3_core <example2,example1能正常运行,但example2不能,但是把example2中的"SEQUENCE="替换为"SEQUENCE_TEMPLATE=",文件example2也能正常运行了,所以,关键之处在这.example是primer3自带的例子,位置为:/usr/share/doc/primer3/examples/example
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