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当然,测的东西,比较多了。比如重组自交系。除此之外可以测近等基因系,近等基因系不总是有标记卡住了目的基因,这种近等基因系,只需要在目标区间开发标记,建立一个基于近等基因系的F2群体就能轻易锁定基因,如果表型不是那么飘忽不定。
可能还有一种近等基因系,并没有对目标性状进行过定位的近等基因系。利用这种近等基因系的困难在于:发现近等基因系间的多态标记。因为遗传背景很相似,所以发现多态标记比较困难。但如果标记密度足够,也能够捕捉到这细微的差异。多少标记才足够?我这有张水稻基因组大小的分布表chrosome_length.xlsx,根据这个表利用不到4000个标记,可以以100kb的间隔覆盖整个水稻基因组。近等基因系间的差异片段一般情况是大于这个范围。如果用高通量测序的话,可以非常轻松的获得如此密度的标记。当然如果是籼粳交的话,即使用PCR的方法,也能获得这样多的标记。用高通量测序,比较省事点。测出来的是SNP,下一步需要,把这个SNP转化成基于PCR的标记,在近等基因系的F2群体测试标记和目标性状是否连锁,如果连锁的话,下面的事情可能就比较好办了。
一点小小的想法,愿与能看懂的人分享。
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GMT+8, 2024-10-19 21:44
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