设想这样一种情形，图位克隆的目标区间，两个亲本间只有转座子序列有差异，那怎么办呢？1是定位过程有问题，如果定位没问题，2是这段转座子序列确实是有功能的。关于第2点，呵呵不是我瞎说八道。这篇文章可以作为我的论据：Transposable Elements Re-Wire and Fine-Tune the Transcriptome

journal.pgen.1003234.pdf

   这篇文章是综述，这里面还可以找到更多的相关证据。那种只有编码蛋白才有功能的观念是有点out了。已经有在图位克隆时遇到候选区基因的编码区无多态的情形了（文章标题：OsSPL14 promotes panicle branching and higher grain productivity in rice。相关表述：Sequence analysis revealed that there was no difference in the coding region of OsSPL14 between Nipponbare and ST-12 plants.）。所以，该研究中想到了表观遗传学，但表观遗传学研究部分证据好像还不是非常充分，因为文中表述为：These results warrant further investigation to determine if OsSPL14 is regulated by a heritable epigenetic
mechanism in ST-12。好像是需要进一步的实验来确定。我突然想：编码区无多态，其它区域是不是有多态呢？而这个多态有可能影响基因表达，也就说是顺式作用元件的变异造成的表型效应。呵呵，仅仅是猜测。