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垃圾DNA验证的实验设计

已有 3964 次阅读 2012-12-10 22:40 |个人分类:未分类|系统分类:科研笔记| 基因组, 设计, 影响, 突发奇想

    牛登科博主有文:2012年生物医学十大突破之首ENCODE,还有很大争议,请关注(http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=61772&do=blog&id=640581&cid=2317890)。既然有争议是不是能设计实验来验证下这个东西,没准是件好玩的事。当然,我是突发奇想,不为实验,只为搞笑,所以设计出来也不会去做的,没准有人去做,还真能弄个CNS之类的。
    首先得明确垃圾DNA的概念,让它成为一个可以通过实验来验证的东西。
    垃圾DNA的定义:从基因组里删除后不影响表型的DNA序列。
    垃圾DNA的验证:
    实验材料:水稻品种或者拟南芥或者其它方便得到纯系的材料,实验材料要有比较精确的全基因组序列,后面好分析。
    实验方法:
    1 对对照材料进行诱变处理,当然得用能产生插入缺失突变的诱变方法。获得诱变后代的纯系。纯系中和对照材料有明显表型变异的直接淘汰。
    2 对和对照材料表型一致的后代进行高通量测序。
    3 后代序列和对照材料进行序列比对,发现有缺失片段的后代,这个缺失的片段越大越好。
    结论:缺失的片段是对照材料的垃圾DNA。
    如果能找到足够大的垃圾片段,那么发个好文章应该是没问题的。
    用这种方法可能发现维持表型不变的最小基因组。
    绝对原创,如有雷同纯属知音偶遇或人家抄袭我的。是否有兄台愿一试否?当然最后一无所获我也是不负责任的,因开篇有言:不为实验,只为搞笑。


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