这是最近完成的一件让自己感到开心的事.数据来源于tigr version 5的水稻基因组注释数据.在这个版本的基因组注释数据中有InDel信息.最新的版本是:MSU Rice Genome Annotation (Osa1) Release 7(http://rice.plantbiology.msu.edu/cgi-bin/gbrowse/rice/),但最新的版本中,及其重要的InDel数据,意外的消失了,其实从tigr变成jcvi后,这个数据就没有了.至少我是没发现.还好,我搜藏了这部分及其重要的数据.为什么及其重要?对于开发基于PCR的标记很重要,SNP多,但毕竟大多数实验室用起来不方便.现在进行基因定位主要可能还是得靠PCR.为什么这个数据会神奇的消失,真让人困惑,也许人家也以为它很重要,最重要的东西,当然是需要保留的.当然,这对我来说,已经不重要了,因为我曾今留意了,并把它保存了下来,所以我很庆幸.而且,今天这看似"古老"的数据,同样是有用的.有用没用的标准其实就一个:是不是真的有多态.或者是不是大多数有多态.

    由序列的多态到标记,又是另外的一个过程.可以有个简单的标准:如果有InDel的PCR引物,可能离标记更近.即使有一大堆的多态在那里,如果要挨个去设计引物,同样是麻烦的事.如果有人连引物都设计好了,那真是太好了.是不是有人会去干这种事?剧我所知好象是有,至少有一个.

    由于这批标记的诞生,RM标记将宣告逐渐退出我的历史舞台.