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水稻全基因组关联作图时代到来了

已有 5706 次阅读 2010-10-29 23:55 |个人分类:关联作图|系统分类:论文交流

       这篇文章宣告了一个新时代的到来Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces ,Nature Genetics,2010,Vol 42 ,  961–967 (全文有点大,上传受到限制)。这是我期待已久的一篇文章。所谓一个时代的到来,也不是我说了能算了,我太小了,重复一千遍也未必有人信,如果它来说可能效果就不一样了。Genome-wide association studies coming of age in rice,Nature Genetics 42, 926 - 927 (2010)。当然,我严重同意他的观点,如果有人有反对意见,直接反对他,我都懒得搭理。

    在这篇文章之前在模式植物拟南芥中有类似的研究Genome-wide association study of 107 phenotypes in
Arabidopsis thaliana inbred lines(http://www.sciencenet.cn/upload/blog/file/2010/9/2010930225343904236.pdf).看到这篇文章时很容易想象,不久的将来水稻里也会有类似的研究,拟南芥是模式植物,水稻现在也是模式植物,但它是先确定为模式植物的,所以一般情况水稻会跟着拟南芥走。实际上在拟南芥中有更加雄心勃勃的研究计划,1000个基因组测序计划(http://1001genomes.org/),相信水稻里也应该有类似的研究,只是现在用google搜不到而已。而拟南芥的1001是来自人类基因组的1001,最新一期的Nature上有关于该项目的一个前期研究报告A map of human genome variation from population-scale sequencing(http://www.nature.com/nature/journal/v467/n7319/abs/nature09534.html?lang=en#group-1)。

    高通量测序时代的到来,使我们不得不关注关联分析的方法。1001个基因型的全序列从连锁作图的角度出发怎么分析?不引入关联作图行吗。

    新时代的到来,让人欢欣鼓舞,这样的时代,即使用旧的方法也可以有新的思路

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     水稻的关联作图需要从人类的关联作图中吸取经验A gene-centric approach to
genome-wide association studies

gene-centric

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