这段时间在忙筹备和进行“组建生命树”（Assembling the Tree of Life——AToL)（哺乳动物）的第三次工作会议。会议刚结束，一共进行了五天，包括周六和周日。每天从早上八点到下午六点紧张的讨论和工作，晚上还要加班，有点累。
   AToL是美国NSF资助的一个长期基础科学研究项目。这个项目1999-2000在耶鲁，加州大学（Davis）和德州大学（Austin)三次工作会议后启动的。其基本目的是建立一个地球上所有生命类群（现生和绝灭）的生命树系，来帮助科学工作者更好地理解地球上的生命演化和相互关系。从2001年到现在，已经有大约40个相关项目获得资助，涉及的内容包括从真菌、植物到人的各种生物类群。这个项目的本质是系统生物学。前段时间科学网上有一篇报道“瑞士：四亿瑞郎打造领先世界的系统生物学”应当是相关的内容。
   在我看来，AToL是21世纪基础生物科学研究具有划时代意义的科研项目之一。它是建立在传统的生物学、分子生物学、系统科学、信息科学，计算数学以及计算机科学等基础上的一门交叉科学项目。这里涉及到很多过去没有过的问题，比如如何协同工作，如果分享、共享资源和信息，如何处理不同机构之间在政治，经济，名誉，科学道德，知识版权，个人与团体和机构，等等各种关系。这是一个真正意义上交叉学科的现代研究项目。项目里涉及很多的问题，以后也许有机会再说。我想先说一个基本点：基础科学研究的创新和基础。
   科学研究的本质就是一个创新的过程。所以，对搞科研的人来鼓吹创新，基本上是多此一举。如果一个科研没有“新”，那就不是一个科学研究。当然，“新”有量和质的差别，绝大部分的情况下，科学研究的新内容是一种量变，几乎是每天都在发生的事情。而我们口号中的“创新”往往说的是后者，这是要做但不容易做到的事情。因为很多的原因，尤其是文革，中国的科研整体上落后了，这是一个事实。 从政策的层面来鼓励科学上的“创新”，是个有见识的政府行为。从政策的层面来鼓励科学上的“创新”，我的理解它有两个基本的含义：一是科学研究意义上的创新，二是要赶超世界科研的先进。
   “创新”这个概念现在有点泛滥了。用中文Google搜索，有超过一亿词条。“科学创新”也有超过六百万的词条。“基础科学创新”有近五百万。任何国家的政府都会鼓励科学上的创新，但具体操作的细节上会有差别，而这些细节反映了对问题认识的程度。比如，NSF和NSFC都鼓励创新，但两者的差别在程序上。在NSF的程序中，一个研究项目是否有创新意义，是一个评审的准则之一，由评审者来评判。而在NSFC的程序中，它是申请书中有一个栏目，“本项目的特色与创新之处”，由申请人自己写。经常可以看见申请书中有五花八门的创新内容：本项目的创新之处是中国特有的，新的工作区域，在国内首先使用了某种方法，等等。创新的含义已经模糊，甚至庸俗化。
   此外，我这里更想说的是，在提倡“创新”的时候，不要忘了培植科研的基础。原因很简单，没有基础，就不可能有创新。就像造大飞机，必需要有设计，材料，发动机，工艺，电子等方面的基础，否则造不出大飞机。如何把握基础和创新的平衡才是一门真正的艺术。
   AToL的提出本身，毫无疑问是一种创新的思想，也是一种创新的工作模式，它同时也是很有风险的项目，因为很难预计它的结果是什么。但是它的提出，是有一定基础和条件的。上个世纪科学领域在支序系统学方法以及以后的一些相关理论方法，计算机，互联网，分子测序等方面的发展，为AToL的提出打下了基础；没有这些思想、方法和技术的储备，很难想象现在能做AToL这样的项目。
   具体到每个单独的项目，都有它自己特定的基础。比如我们做的这个哺乳动物AToL项目，它以现生和化石的哺乳动物种为基本单位，涉及所有科一级的哺乳动物物种代表，包括人在内。这个项目的研究人员来自近20个研究机构，基本上是两组，一是研究传统形态学的，包括现生和绝灭类群，二是研究分子生物学的。另外也有计算机领域的人员，负责各种工作平台到最后计算的技术支持。研究传统形态学的人目前有21人（包括研究生和博士后），涉及所有哺乳动物的门类。当这样一个很大的项目进入具体的研究时，没有任何的轰轰烈烈，有的只是无数的细节，以及不同观点的吵架。比如，当我们说哺乳动物眼眶这个特征时，你怎么去定义它，怎么去描述它，怎么去测量它？有的哺乳动物种类眼球体积大于脑体积；有的因为适应穴居眼睛极大的退化；海生的哺乳动物和陆生的类型如何进行有意义的比较，等等。我们目前选定了一千多个哺乳动物种，相关的形态特征有大约4500个，每个特征最少有两个性状，最多的有十几个性状。几百万的性状怎么处理？这么大量的工作中，如何能有效、有意义的确定每一个特征和性状，使大家能够有一个共识，这需要每个人都能在最基本的问题上有能够让人信服的知识。
   在和科学院的同行交流中，我也听说过有做类似“组建生命树”项目的想法，目前我还不知道有没有类似的项目在进行中。但我自己的体会是，这不是一个你想不想得出或想不想做的问题，而是一个你有没有能力去做的问题。比如，我们现在做的这个项目要在同等的规模上在中国实施，成功的可能性就不高。首先，从我了解的情况看，我们没有那么多研究不同门类哺乳动物的专家，他们对所有门类的哺乳动物的形态学都能有权威性的观点；也没有那么多的实验室在做大量哺乳动物各种DNA的测序；对全世界现生的大约4500种的哺乳动物，中国有多少种类的组织样品可供分子生物学的研究也是一个问题。其次，很多的理论问题在中文出版物中很少讨论，比如同源关系，系统发育分析的理论和方法，缺失性状的处理，等等。而这些问题在具体的研究过程中遍地都是。我们同时也缺少一些懂生物，又懂计算方法和计算机技术，同时也懂系统生物学中基本思想的人。这些东西，不是砸钱就能得到的，它有一个积累的过程。当不具备这样的基础时，能够创新的空间会比较有限。科研的持续发展规律是厚积薄发，没有厚积的基础，发起来也很难持久。
   所以，在提倡创新的时候，不要忘了培植科研的基础。