Wiley中国邀请报告

《动物系统学与进化研究领域科研论文准备与发表》

             中国科学院动物研究所 葛德燕

                   2020年11月12日

各位老师，各位同学：

  大家晚上好。我是中国科学院动物研究所葛德燕。前面刘老师已经向大家介绍了遥感技术应用于动物生态学的研究及成果发表，适用于中/大型动物的保护生物学研究。接下来我将为大家介绍动物系统学与进化研究领域论文的准备与发表，适用于大量非模式动物，非保护类野生动物的基础研究。特别希望我今天的报告对初入领域的研究生有所帮助。

我将从以下六个方面进行展开。

一. 主讲人简介

    Wiley发布的预告信息里面介绍了我硕士和博士阶段的经历，在博士毕业以后我加入动物所杨奇森研究员的团队，围绕哺乳动物开展研究。目前的主要成果有61篇科研论文，参于三部专著和1项专利申请。我也和从分类学起步的很多朋友一样，第一篇动物学领域的中文文章发表在昆虫知识，第一篇SCI论文发表在ZOOTAXA。近年来我们课题组有多篇文章发表在Wiley旗下的期刊，但是和国内研究基础比较好的类群相比，我们还有很大的可供努力的空间，也有很多需要向国内同行学习和借鉴的地方。

在学术兼职方面，我除了担任两份经典国际期刊的副编辑，一份国内中文期刊的编委，今年还有一份特殊的任务，就是和德国和波兰的国际同行一起在Frontiers in Genetics和Frontiers in Ecology and Evolution 组织灵长总目（包括灵长目，啮齿目，兔形目，皮翼目、树鼩目）进化生物学研究进展专刊，对这方面有积累，有兴趣的团队欢迎联系我投稿，现生种和化石方面的稿件我们都收。

二.论文准备

下面，我们步入今天探讨的主题，及动物系统学与进化研究领域论文的准备与发表。进入这个领域，首先我们需要通过文献阅读和标本初查确定研究类群，这一个过程就是发现问题的过程。接下来，进行形态/分子和生态数据的收集，有了这些数据，进一步需要整合生物统计学，生物信息学和地理信息系统学的手段对数据进行分析，这便是分析问题的过程。在此过程中产生大量的图表，我们需要对图表进行解读，寻找感兴趣的科学问题的答案。进而对结果整理，归纳，撰写成文，投稿发表，这也是对科学问题进行总结的过程。投稿以后，通常有四种结果，小修，大修，拒稿重投，拒稿。第一种情况只需要对图表和文字进行修改，第二种情况一般需要对文章的数据进行重新分析或者部分重新分析，而第三种情况则可能需要补充数据，重新分析，文字部分也需要大量的修改工作。最坏的情况就是被拒稿，需要大量修改后，重新选择杂志投稿。

根据我个人的经验，确定类群的过程非常重要，这在前期主要取决于导师领导的团队的积累和合作者的帮助。在文献积累方面，我一般采用传统方法和新方法结合。比较古老而又重要的文献，从Biodiversity and Heritage Library 下载以后，我将它们整理装订成册，方便随时查找阅读。这是本科毕业设计时从我的指导老师那里学习的方法。而比较新的文献我则是通过Endnote、Cytospace等工具进行信息收集和管理。

接下来是数据收集，也是整个课题研究中最费时费力的部分。这个时候尽量完整地收集数据会为后面图表准备，论文撰写等节省大量的时间，因为每新增加一号样本，一条数据，前面所有的分析需要全部重新来做。

数据分析阶段，涉及方法众多，在参加宏基因组学培训班的时候，刘永鑫博士（宏基因组创始人，中国科学院遗传发育所工程师）给我们推荐了有道云笔记。我觉得这是一个非常有用的工具，除了数据分析过程中使用的代码，文献阅读中过程中的心得体会也可以随时记录，随时翻阅，因为它是手机APP，微信和电脑同步的电子笔记，能够很大幅度地提高工作效率。

图表准备阶段，我们通常借助R和AI软件来完成。

论文撰写过程中，我一般是先搭好架子，继而填充材料/方法/结果，拓展讨论，最后提升前言和摘要。当然，每个人的习惯不一样，论文撰写过程中使用的方法也不一样。

在论文完成以后，充分利用文本编辑器中的拼写检查进行初步修改，使用1checker进行语法检查，最后选择母语是英文的权威英文编辑公司对文章进行润色。

在我们的研究中，如果发现现有的分类系统存在问题或者发现了新的分类单元，需要进行分类学的描述和修订。这个部分一般有固定的格式和内容。主要包括系统分类地位，Zoobank识别符，文献索引，模式产地，正摸，副模，测序标本，检视标本，形态描述，鉴别特征，分类评述，词源，分布及栖息地等。其中，Zoobank识别符，测序标本是近几年新增的内容。

三．投稿与修改

关于审稿的过程，每个期刊基本流程是比较一致的。在Wiley近期特别邀请的战爱斌研究员的报告中有详细介绍。这里我想强调的就是审稿人推荐是非常重要的。一般编辑会从推荐审稿人中至少选择一位作为正式审稿人。

对论文修改阶段注意事项的总结，James M. Provenzale. 2010在美国放射学杂志曾有介绍。其中，个人认为最重要的一点便是“充分展示为提高论文所做的努力”。

1. 决定是否投回原定目标期刊

2. 咨询编委探讨不能解决的问题

3. 优先考虑审稿人和编委建议

4. 将审稿人视作顾问而非对手

5. 为不能处理的审稿人建议提供充分的理由

6. 保持不同意见但不令人讨厌

7. 处理审稿人间不同的意见

8. 充分展示为提高论文所作的努力

9. 若被要求，请尽量缩短论文

10. 回顾最新文献，确保引用

四. 数据共享

文章发表以后，较大的受益者应该是研究同一个类群的同行，数据分享对于促进类群研究进展意义重大。充足的附件材料对于提高论文的可重复性和引用率都会大有帮助。目前，除了NCBI和国家基因库，领域内比较大的原始数据分享平台主要有Dryad Digital Repository，Morphobank等。

五. Wiley旗下相关期刊

  Wiley旗下具有大量动物系统学与进化研究相关的杂志，总体趋势来看，系统学和进化与宏观生态，分子进化等领域整合类期刊引领前沿！

Wiley旗下动物系统学与进化研究相关杂志

2018年，Journal of Zoology邀请我帮助杂志做了一期Virtual Issue，简要回顾中国动物学领域的现状与发展情况。我根据ISI Web of Knowledge的数据对Zoology这个类别排名前50位的杂志做了一个简单的分析，2008-2017年间来自中国的学者在国际期刊发表的论文数量呈现显著增涨的趋势。这些杂志，在领域内的顶级期刊和旗舰刊物，Journal of Animal Ecology, Molecular Ecology, Cladistics, Systematic Entomology, Zoologica Scripta等都不例外。

    还有一个大家可能比较感兴趣的问题，分类学文章能发综合类期间的顶级刊物吗？答案是肯定的。总结近年来领域内发表在国际顶级期刊的论文普遍具有以下2-3个特点。

1. 珍贵化石

2. 类群关注度高

3. 分类地位重要

4. 海量数据

5. 新技术应用

6. 多团队合作

   国内主办领域内的英文杂志近几年也得到了快速发展。其中Wiley旗下的Integrative Zoology, Insect Science 目前都已经冲进领域TOP 15%。

六. 实例分享

  最后，我以自己研究的类群为例，向大家简单介绍我们开展动物系统学与进化研究的过程。我们知道，全球环境变化与人类飞速发展背景下，第六次物种大灭绝事件导致大量大型动物的灭绝或者种群衰减，与此同时，小型的啮齿类，食虫类和兔形类动物还保持较高的物种多样性，分析预测在未来50年内啮齿动物的谱系多样性还会持续增加。那么，在这样的生态系统重塑的过程中，哪些物种才是最大的受益者呢？这是一个重要的科学问题。

  我的研究工作主要就是围绕啮齿类动物展开，在宏观进化历史，分类与系统学和群体演化方面推进。接触每一个类群时，首先想要解决的第一个问题就是中国到底分布有多少种类？

  以白腹鼠属为例，这个类群分布区跨越东南亚和中国北部，具有以下特征：1.在森林生态系统中占绝对优势，在野外的个体数量远远超过Rattus， Mus等类群；2. 物种繁多；3. 生态类型多样。

   此外，这个类群还是多种病原生物的野外载体和传播媒介。其中最重要的就是汉坦病毒，分析揭示从白腹鼠属身上发现的汉坦病毒形成一个独立的分支，不同于姬鼠属和其它病原动物身上发现的病毒。

2015年国家疾病控制中心鲁亮研究员与我们实验室合作研究发现这个类群的物种多样性可能远远被低估了。随后，我们课题组收到编撰《中国动物志.鼠亚科》的艰巨任务。杨老师安排我负责白腹鼠属的编写工作。我们开始大量的野外工作，也奔赴国内外多个动物标本馆收集基础数据。收集类群及近缘属所有的原始描记文献，捡视模式标本，测量，拍照，收集原始数据。在这个基础上，开展研究工作。整个过程大概如下图所示。

  截止目前，我们基本弄清楚涉及这个类群的第一个科学问题，中国分布多少种？ 经过我们的研究揭示中国至少有17个种，而在此之前比较权威的专著上认为中国只有10种。在近期的工作中，我们进一步对第二，第三和第四个问题进行了探讨，论文目前正在第二次审理之中。完成了这些工作，让我认识到，事实上我们对这个类群的研究才刚刚开始，还有大量的工作需要深入。前期分类与系统学的工作为我们后续的研究打下了坚实基础。

     下图展示我们在社鼠种团发现的剑纹白腹鼠及其它和近缘属的比较。历史上，这个类群分类系统如此混乱可能与北社鼠（N. confucianus)较大的种下形态变异有关。

下图展示针毛鼠种团发现的冯氏白腹鼠。我们以冯祚健老师的姓氏命名以感谢老先生在中国哺乳动物分类与系统学工作中做出的巨大贡献，在第一次青藏高原科学考察中的艰辛付出，以及为我们这些晚辈奠定的坚实基础。

报告的最后发布两个广告。大家知道，今年新冠疫情的肆虐不仅严重影响了中国经济的发展，也影响了科学界学术活动的正常进行。时至今日，新疆大学的研究生新生还不能顺利返校。借助网络推进学术活动的交流以后在国内和国际上都会成为常态。我们借助Bioprotocol提供的平台，发起《动物系统学与进化研究方法》中文电子书的编写旨在推进领域内对新技术，新方法的学习和交流，方便研究生，初入领域的青年研究者学习，当然也方便我这样的需要学习和提高的人向前辈和同行学习。目前，电子书编委团队组建完毕，我们已征集到208篇论文题目，部分稿件已经完成。在此热忱欢迎还没有报名参加的国内同行积极参与，支持。

另外，给我们研究组打个广告。我们课题组由杨奇森研究员领导，除了我还有夏霖老师，温知新博士，程继龙博士，Anderson Feijo博士后。目前有四名博士研究生，六名硕士研究生在读。热烈欢迎研究生报考。

最后，我要感谢引我前行的导师们，主要的合作者，感谢课题组所有成员多年来的大力支持，感谢在平日的工作中给予我帮助和鼓励的前辈和朋友们，感谢Wiley中国的组织和邀请，感谢参加讲座的老师和同学们。敬请批评指正。