黑格尔把自然界划分为力学、物理学和有机学这三个领域。这种划分的目的就是要表明概念在自然界里自己规定自己，达到具体的普遍性或总体的过程，要表明自然对象在精神的支配下提高自己的组织程度，达到独立的有机生命的过程。黑格尔认为，在力学领城里，物质系统的各个规定或环节彼此处于外在状态，它们所包含的概念还没有把它们组织为有机整体，它们都是在自身之外寻求自己的中心；在过渡到物理学领域以后，内在的概念就把各个物理物体或元素．组织到一起，使它们彼此具有一种反映的关系；但这种物理形态或系统在外部偶然性面前还不能自己保持自己，而总是趋于瓦解；只有发展到有机领域，才出现了具体的总体，出现了能够自我保持、自我组织和自我繁殖的有机生命，这种自为存在着的总体或形态以自身为目的，征服了自己内部的和自己周围的各个环节，把它们降低为手段，于是那种自己规定自己的概念就在生命里找到了自己。黑格尔的这种划分不仅在当时是很完备的，而且就现代的自然科学水平来说，也是饶有趣味的。只要我们剥开他的唯心主义外壳，通观他从物质的属性、作用和组织方面研究形态形成或系统演进的过程，我们就会对他的天才猜测感到惊讶！

黑格尔认为，在这种概念由抽象到具体、自然由低级到高级的发展阶序中，每个阶段都是一个独特的自然领域。每个系统都是在其发展阶段的特定范围内反映整个宇宙（局部反映整体）；它的完善程度可以由它反映整个宇宙的程度来衡量。因此，“对于任何物体都要按照其特殊范围加以处理”。黑格尔正确地批判了还原论。在物理学领域里，他批判了那种把物理系统归结为力学系统的机械论，认为机械论把力学关系作了不合理的推广，抹煞了物理物体的特性；在有机学领域里，他批判了那种把生命系统归结为原子组合的化学论，认为化学论并不能穷尽物体的本质，无论是同化过程和异化过程，还是生物的组织和功能，都不能用化学论解释清楚。但是，他在批判机械论时却否认了数学方法应用于物质世界的量的方面的普遍有效性，在批判化学论时却否定了化学原子论。黑格尔认识到了分析高级系统对于分析低级系统的巨大意义。例如，他在谈到生命系统时说，“为了理解低级阶段，我们就必须认识发达的有机体。因为发达的有机体是不发达的有机体的尺度和原型”。