黑格尔的自然哲学也是德国自然哲学发展的结果。这种自然哲学由雅可布·波墨和莱布尼茨建立起来，经过康德和歌德的发展，到谢林和罗伦茨·奥铿的阶段，对自然科学、尤其是生物学的研究发生了影响。这些德国自然哲学家们都是用高度思辨的头脑，构造他们的自然图景。与机械唯物主义自然观相反，他们认为自然界是一个有机整体，为精神活动所渗透，自然界的一切过程都应该用精神的内在活动来解释，而不应该用物质的外在运动来解释。他们把自然界视为宇宙精神通过矛盾斗争所产生的外化，认为宇宙精神在自然界的发展中经过机械阶段、物理阶段和生命阶段，在人的心灵中达到了自己的充分体现，因而人是整个宇宙发展过程的缩影。黑格尔继承了这一思想传统，力图使它与经验自然科学相结合，建立起自己的包罗宏富的思辨自然哲学。

    在《耶纳逻辑、形而上学与自然哲学》(1804／1805)“导论”中，黑格尔阐述了他的自然概念，说“自然界是自我相关的绝对精神”，同时论述了思辨哲学的自然考察方式，批评了经验主义的自然考察方式“仅仅停留在非反思的无限性的关系上”，而不能把握自然界的真正本质。黑格尔从一种作为绝对精神的以太出发，分析了空间和时间的统一、物质和运动的统一。他批评了绝对空间和绝对时间的概念，认为这类概念是单调的无限概念；他强调“物质就其本质而言即是运动”，认为“惰性物质只不过是形而上学的臆造”。