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【絮语】MEGA作为一款简单易用的系统发育分析软件,近年日趋见于诸多国内外期刊,并慢慢受到大家的认可。对于系统发育树的后期美化,很多初学者往往觉得高深止莫测,也常常深陷于图像处理软件圈中不得其法。其实借助MEGA自带的功能,加上科究必备的Word软件和PDF专业版,足以完成系统发育树的美化处理。本文以基于最大似然法(ML)重建的马铃薯Y病毒(PVY)系统发育树为例,通过图解简要演示一下系统发育树的美化。
【工具】MEGA、Office(推荐2007版以上)、Adobe PDF pro版
【核心】转为Word文档的独立元件,即可实现随心美化的目的。
【流程】
1. 设置参数 Tree 的相关选项
2. 在Word中编辑元件属性
(1)将前一步粘贴板中的内容粘贴到word中,选择整个图片后,点击鼠标右键“编辑图片”,打散图片组合:
点击“是”,将图片(实际是一个组合)转为图形对象,实现打散图片的效果。
此时,各元件都变成一个独立可编辑的对象,如文本框、形状(线条),这些对象可以通过右键修改大小、颜色等属性:
系统发育树之外的标注信息,可以在word中根据需要添加,如下图中的矩形框,并设置相应颜色:
3. 添加背景框
添加背景框有两种方式,一种直接在word文档添加形状(矩形),设置一定透明度后,将图层置于最上方。另一种方式是先转为PDF,然后在PDF中编辑,这种效果更佳,推荐使用。如果用第一种方式,后绪操作可以略过,本例采用后者来演示,在上述操作完毕,通过“文件”--“另存为Adobe PDF ”方式保存为PDF,也可以用虚拟打印机方式生成PDF。
用图画标记方式添加背景框,操作:“视图”-“注释”-“图画标记”
在需要添加背景框的位置添加图画标记,并设置边框颜色和填充颜色、透明度等属性,如下图:
可以根据个人喜好,整理成不同的样式,效果图预览(部分):
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