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基因的选择压力检测及检验图解教程(By Raindy)

已有 22951 次阅读 2013-12-2 09:45 |个人分类:软件教程|系统分类:科研笔记| 压力检测

 

【絮语】
  对于基因选择压力的检测,Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)可能是第一反应的分析工具,但PAML的操作令不少初学者望而却步,快速完成基因的选择压力分析,推荐使用一个在线服务器Adaptive Evolution Server。
【关键】
  将序列基于密码子比对后,提交序列分析时,先选择一个最适的进化模型,再选择一个压力检测方法。
【网址】
  http://www.datamonkey.org/
【说明】

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http://bbs.sciencenet.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=1311703&fromuid=460481  

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  在线浏览版:http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1385877844

【结果】

  最终生成数据结果,可以根据需要整理不同格式,如《马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析》:

  

 

SharmaS, Joshi G, Dash PK, Thomas M, AthmaramTN, et al. (2013) Molecular Epidemiology and Complete Genome Characterizationof H1N1pdm Virus from India. PLoSONE 8(2): e56364. doi:10.1371/journal.pone.0056364

 



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