【絮语】
　　TEXshade 是 Latex 的一个宏包，可以对 MSF或 ALN 格式的多重比对文件以不同的方式进行着色美化，并可以对重要的位置和区域作出标记，用 TEXshade软件包能做出来的多重比对可视化效果，常常让有一种耳目一新的感觉，当然也是投高IF期刊所必须的。
　　如果有 LaTeX基础，TEXshade 可能只是小菜一碟；但如果没有任何的Latex基础，也不担心，看完教程相信也会收获，先上张效果图养养眼。

准备工作：
　　（1）中文的 LaTeX - CTEX，下载地址：http://ftp.ctex.org/pub/tex/systems/ctex/2.9/CTeX_2.9.2.164.exe （基础版，203M）
　　（2）LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker，下载地址：http://www.xm1math.net/texmaker/texmakerwin32_install.exe （46.3M）
　　（3）TEXshade宏包，请移步到我的网盘下载：http://raindy.ys168.com/  （生信软件目录下texshade.zip 压缩包， 1.1M）
 

安装篇：
（1） 直接双击运行下载的CTEX，安装过程中，可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件，如下图所示：

 （2）双击安装Texmaker，直接下一步下一步安装，直至出现下面窗口后，点击“Close”完成。

 （3）将 texshade.zip 压缩包解出来，最好放在非系统盘下，如本例路径为 D:TEXshade，注意检查该目录下是否有 texshade.ins 文件。

（4） 在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”，调出Windows 的命令行窗口，将当前路径转到 TEXshade所在的目录下（ D:TEXshade），如下图所示，此时输入“Latex texshade.ins”，回车，如果出现下图的信息，说明编译通过。

 重复输入“Latex texshade.ins”再次编译，texshade.ins 编译2-3次后退出Windows命令行窗口，返回到TEXshade目录，此时比先前多了一些文件，这些是都编译生成的，如：AQPDNA.MSF 是比对的示例文件。

 未完待续...

PS：特别感谢林文超兄的帮助，让 Windows 版的TEXshade 得以完美运行...