絮语：

虽然QQ空间已经写了两篇多基因联合分析的教程，随着新工具PhyloSuite的开发出炉，只需简单几步就可以完成多基因联合分析，本文以简明图解应用PhyloSuite进行多基因联合分析。

关键词：PhyloSuite, PartitionFinder, MrBayes，数据分区，批量重命名树名称

数据准备：

（1）比对好的序列文件，每个基因序列的文件名称建议以GenBank 登录号作为名称，如下图示例，01_ITS_aln.fas：

Raindy注：编码蛋白的基因和非编码基因比对策略不同，需要注意

（2）整理好的Excel文件，参考格式如下图所示，第一列为序号，第二列为菌株名称（长文件名称），第三列-第五列为不同基因数据，最后一列为重命名的名称

Raindy注：第二列长名称是用批量重命名树名称用。此外，多基因联合时需要名称一样才可以串联，所以最后一列需要统一命名为相同名称。

简明流程：

Step 1: 将不同基因中的序列名称批量为统一名称，可以使用TBtools中的Fasta ID Renamer进行，如下图所示，将待比对后待重命名的序列通过拖曳到Input Fasta File后的文本框，设置输出FASTA文件名称（示例为：01_ITS_aln_ren.fas）后，将重命名名称对照表粘贴入Rename Map Info后的文本框。

重命名的对照表信息可以从事前面的Excel文件中整理而来，如下图所示：

Step 2：串联不同基因序列文件，运行PhyloSuite后，在Alignment菜单下，点击“Concatenate Sequence”弹出操作界面，将待串联的不同基因序列拖入“Input”后的文本框内，如需调整前后顺序，可以选择对应基因序列文件后按住不放，拖到正确位置即可。 

点击“Start”后，程序自动开始串联，如果不同基因数据缺失，会弹出相应提示，“Show Details”可以查看具体信息并进行检查。

如果不同基因序列信息完整，合并完成弹出信息如下图所示。

Step 3: 确定多基因数据分区的最适模型方案，依次点击PhyloSuite的“Phylogeny”菜单下的“PartitionFinder”，弹出界面如下图，前一步的合并会自动被读入到Alignment File后的文本框内，注意branchlengths=linked（大部分情形如是），Models后选择“MrBayes”，Model_selection选择AICc（PartitionFinder作者推荐），Data Blocks 也会自动识别为不同基因分区。如果需要进一步Codon分区，可以选择对应基因后，点击DATA Blocks下方的蓝色双向箭头即可。示例数据只按基因分区，不对ACT和EF1基因进一步Codon分区。

Step 4: 多基因联合重建贝叶斯树，依次点击“Phylogeny”菜单中的“MrBayes”，同样方式，前一步数据和分区模型参数会自动被读取到弹出的MrBayes参数设置界面，Outgroup通过下拉菜单选择Taxa13，其他参数可以使用默认值，当然可以根据实际调整。

当然，PhyloSuite中的MrBayes参数设置界面提供一下Nexus File Viewer查看器，可以随时查看相关运行参数和模型信息等。

MrBayes分析完成后，可以通过两种方法查看参考是否收敛，一是用Tracer软件查看xxx.runx.p文件，如下图所示：

二是直接查看Average standard deviation of split freq. 是否显著低于0.01（如果达不到，0.05也可以接受）

Step 5: 查看树文件并批量恢复树长名称，在FigTree查看input.nex.con.tre前，准备一下树名称的重命名对照表（也可以从Excel文件中整理出来），并保存为Tree_ren.txt 如下图所示：

在FigTree中载入贝叶斯树文件后，基本设置完毕（如：Node Label 等），在“File”菜单“Import Annotations”选择前面准备的tree_ren.txt文件，并在“Tip Labels”的“Displaye”下拉菜单选择“Strain”（名称示实际情况不同，示例数据为Strain）。

切换“Strain”后，树的Tip名称批量显示为长名称，比较直观，如下图所示

注意事项：

重命名序列时，需要注意检查GenBank登录号后是否存在空格，如有请替换为空，否则批量重命名不成功

链接：

多基因联合分析简明图解之IQ-TREE篇：

https://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1517027454

多基因联合建树图解教程（更新）：

https://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1396317591

PhyloSuite相关资源：

https://dongzhang0725.github.io/