如何写好论文

这是我根据Dr Daniel McGowan，分子神经学博士，理文编辑学术总监的相关14篇博文整理汇编，因为一篇一篇看不方便。 需要强调的：这是一家之言，但对大家还是有帮助。

1如何选择研究热点

期刊编辑都希望看到能拓展现有范围、开创新领域的研究。科研人员也大都希望自己处于领域的前沿，并做出”重大发现”，但很多人并不太清楚当于何处着眼。经常，他们见到某个小领域内的“动向”，通常是一波论文发表高潮，却发现此时再去参与又太晚了。所以，必须要能够提前预测到这种“动向”。

下一个重大发现可能很难预测，不过在文献和国际会议中仍然有迹可寻。因此，有必要经常阅读您所在领域的最新文献以获悉最新动态。找寻那些在“讨论”部分中没能解释透彻的结果，无法解释的结果中常蕴含有科学探索的机会；不过也要记得：首先发表这些结果的实验室占有先机。阅读“读者来信”也能帮你发现本领域内的争议，而任何解决这些争议的工作都是期刊编辑所乐见的。

要博览而不是只阅读你本领域的研究。这有助于你发现和其他研究领域进行“交叉”的机会—比如或许又开发了一种新技术，或者一个无关研究中又发现了一种与你领域有关的新的蛋白相互作用。阅读《自然》、《科学》、《细胞》等顶级期刊是随时了解其他领域进展的一种方法。关键词检索数据库则是发现与不同研究进行交叉机会的方法。通过关键词检索你可以了解某一领域研究的数量和影响力。若某一课题去年的论文发表总数或在高影响因子期刊上的发表数大增，就表明该领域已成为”热点”。反之，若新发论文很少，或基本都在低影响因子期刊，就表明该课题不会广受瞩目。

保持了解最新进展，发现“热门”研究领域及潜在“新问题”最好方法之一就是参加国际会议。国际会议常通过论文摘要和壁报的形式报道初步结果，从而让你在结果发表之前就获知最新动向。和其他与会研究者讨论也有助于提炼出最精准的研究问题。

最后，值得注意的是：课题受的关注越多，竞争也越大。此外，那些报道有争议的观点、提出难以解释的研究结果以及开创研究新方向的实验室往往占据先机，也许领先好几个月。要考虑你自己的独特优势在那里。有无别人没有的专门设备、样品、或资源？能否通过合作在新领域里迅速取得成果？如果有，那么就应着手提炼研究问题，设计研究方案，然后开展工作，开始角逐。

2科研伦理和论文发表道德：好的做法

大多数科研人员和医师都熟悉科研伦理的概念，特别是在以动物和人作为研究对象时。大多数研究开始前也的确需要从所在研究机构的伦理审查委员会处获得批准。此外，就论文发表(包括医学媒体机构的使用)、作者署名、内容转载和数据的有效性也有相关规定。违反科研伦理和论文发表道德规范的行为会造成拒稿甚至被一些期刊禁止投稿。这些行为包括哪些、又该如何避免呢？

下列做法将被视为不符合科研伦理和论文道德规范：

• 人和动物研究对象的不当使用
• 署名不端
• 一稿多投
• 重复发表
• 剽窃
• 捏造或篡改数据

多数人可能对第一条最为熟悉。使用人和动物作为试验对象的研究应遵守1975年《赫尔辛基宣言》中规定的伦理标准(世界医学协会2000年于爱丁堡修订)，该宣言也促成了伦理委员会的建立。这些规范旨在确保人和动物研究对象的福祉，并规定研究必须要具备受试人提供的知情同意书；即他们已被告知试验的目的和性质，且同意接受此试验。所有使用人和动物为实验对象的研究必须遵守《赫尔辛基宣言》；如果未能遵守，研究者必须解释其所用研究方法的根据并从当地或研究机构的伦理审查机构获得批准。

署名不端问题出版社很想消灭，但现在仍常可见到。国际医学期刊编辑委员会[International Committee of Medical Journal Editors， (ICMJE)；http://www.icmje.org]已经就署名资格制订了指南。根据ICMJE指南，署名资格必须基于：①对研究的构思/设计或数据的获取/分析/解释具有实质性贡献；②参与撰写论文，或对重要知识部分进行关键性修改；③同意终稿发表。这三条必须全部满足才能具备署名资格。相对次要的贡献者可在“致谢”部分列出。应当注意的是，一些期刊有自己的署名规定，通常含在《稿约》中。

 “一稿多投”是指同时将同一个稿件投到多家期刊。这也许能为你节省些时间，但是一旦被发现你的论文就会被拒稿，并且有可能被禁止向这些期刊投稿。这种险完全不值得去冒。期刊编辑之间会定期会谈，并就可疑稿件进行互相交流。另外，不同的期刊也可能把你的稿件送交同一名审稿人审读，这样你的多投行为就会被发现。所以，在收到一个期刊的最终决定之前不应投到下一个期刊。

“重复发表”是指论文中包含之前已发表过的结果。期刊编辑要求论文具有原创性内容，并已于1969年形成政策：“仅考虑发表满足以下条件的稿件：其实质性内容没有在他处发表过，也没有同时投稿到其他地方”。这被称为Ingelfinger规则，以《新英格兰医学》当时的编辑Franz Ingelfinger命名。该规则旨在避免期刊发表之前已发表过从而已失去原创性的材料。ICMJE指南(III.D.2重复发表)重申了该规则，申明“期刊编辑不愿收到此类稿件：其内容大部分已发表过，或包含在另一已投出或已录用的论文中”。这个规定有一些值得注意的例外，其中包括学术会议演讲稿及其摘要（尽管是例外，在投稿时还是需要公开说明此情况），以及研究者由于政府的考虑或公共健康的关系而必须发布的数据。

最后三种学术不端行为是：剽窃、捏造和篡改数据。美国国家科学基金把它们列为学术不端的鉴戒。剽窃是指“擅用他人的思想、方法、结果、或语言而未申明出处。这包括通过秘密审读他人论文或经费申请书所获取的信息”(出自Federal Office of Science and Technology Policy, 1999)。转述是允许的，但其方式要恰当。如果要进行直接转述就要用引号表明，不然就需要变换说法。捏造是指无中生有地制造并报道数据，篡改则是指对试验进行操纵,或更改已获得的数据，导致所报道文献不能准确反映真实的研究状况。所有学术不端都有严重后果，从拒稿到解雇，以及可能的法律诉讼。

最后，不披露潜在的经济或其他利益冲突也可能被视作不端行为。作者投稿时通常会被要求申明有无利益冲突，其中包括是否有能影响你行为的经济或个人关系，例如你的工作情况、顾问身份和持股情况。利益冲突并不一定是坏事或论文发表的障碍，但应予申明。

科研人员、工程师和医师要知道那些是合乎伦理的行为，哪些是不端行为，这样他们才能避免后者。行为符合伦理能让同行、同事和期刊编辑对你有信心；而行为不端则可导致失去资助、解雇、禁止投稿、甚至法律诉讼。所以，务必要知道界限在那里。

3选对期刊

选好期刊和发表类型至关重要：选对了能立马增加发表的机会和引用率。相反，投到不对的期刊往往造成拒稿。在选择目标期刊前，应综合考虑以下因素：期刊的宗旨和范围；目标读者和近期发表情况；拟投稿件的研究结果有多重要、吸引面有多广；研究类型。

首先应考虑的是：拟投论文的侧重点是什么？谁可能会读它？在撰写论文（尤其是“讨论”部分）时就应予以明确。你的研究是侧重于临床还是基础科学？你的结果是对科学界会产生广泛影响还是只限于一个专门领域？属于初步结果尚需更多工作来验证，还是已经有多种互补的数据来支持你的假说？你是急着马上发表，还是不那么着急从而可以收集更多数据去试投高影响因子期刊？回答了这些问题，你对目标期刊就有了一个基本的概念。接下来，你需要列出个清单。

目标期刊最直接的来源就是你论文的参考文献。与你相似或相关的工作应该被你的论文引用过；研究这些工作和他们所发表的期刊。那些多次出现的期刊就可作为候选。另外一个寻找候选期刊的办法就是用关键词搜索Medline和 Pubmed等数据库。同样，重复出现的期刊可能就是比较合适的投稿对象。此前未发表过此领域论文的期刊可能也会对你的结果感兴趣。最好的办法是翻阅和检索图书馆书架、Thompson ISI数据库 (其中包括SCI)，或者各大出版商的主页(学术期刊出版商很多，下文仅列举了其中几家)。根据你对上述问题的回答，你应该能找出适当的期刊。

至此你已有一个候选期刊的清单，头脑中也已有了适宜期刊的形象。你把这两者放在一起看看他们是否吻合。期刊网站中通常有“宗旨和范围”一栏，有的还会说明该期刊的目标读者范围。通常还有影响因子、论文类型、刊期、接受到见刊周期、拒稿率、发表费等信息。这些因素都需要综合衡量。比如，若你希望迅速发表，就应该专门留意反馈快和见刊时间短的期刊。如果你经费紧张，就不要考虑开放获取(open access)期刊或发表费高的期刊。如果你需要把论文发表在影响因子高于某个值的期刊，就应马上排除低于该值的期刊。认真研究期刊网站，考虑编辑和读者为何会对你的结果有兴趣，在此基础上你能更有针对性地撰写投稿信，也能帮你决定清单中那一种期刊才是传播研究结果的最佳平台。根据这些标准把期刊清单缩减至两三家，随后把它们再按照你的具体要求排序。至此，你就可以开始撰写投稿信和投稿了。

Edanz开发了一个期刊选择工具来帮助您完成这个过程，欢迎试用：

http://www.liwenbianji.cn/journal_selector

几个有用的网站

检索或浏览SCI期刊: http://science.thomsonreuters.com/cgi-bin/jrnlst/jloptions.cgi?PC=K
Thompson ISI 检索数据库: http://science.thomsonreuters.com/mjl/
美国国家医学图书馆数据库 PubMed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Elsevier 期刊列表: http://www.elsevier.com/wps/find/journal_browse.cws_home
Science Direct: http://www.sciencedirect.com/
Wiley-Interscience 期刊: http://www3.interscience.wiley.com/browse/?type=JOURNAL
Springer期刊: http://www.springer.com/?SGWID=5-102-0-0-0

实例

我们来做一个撰写论文标题的练习。假定题目是：“Region-specific neuronal degeneration after okadaic acid administration”。该虚构研究显示，动物(假定是小鼠)摄入一种毒素okadoic酸(OA)后，海马区CA3和齿状回区域内的神经元退化。此外，MAP激酶依赖途径也参与了神经退行性疾病。

如果神经细胞变化与功能丧失之间在功能上不存在关联，那么，该研究会被视为停留在初步阶段，很难获得发表机会。那么，再假定我们也进行了行为学研究，且结果显示小鼠摄入毒素后产生了学习和记忆障碍。这样一来，我们就有了组织学、生化和行为学数据。

用关键词检索Pubmed数据库只找到很少几个类似研究(鉴于该案例为虚构，当不足为奇)，不过仍然指出了几个潜在期刊，如《Journal of Neuroscience》，《European Journal of Neuroscience》，《Neuroscience， Biochemical and Biophysical Research Communications》，《Neurobiology of Learning and Memory， Neuropharmacology》和《Journal of the Neurological Sciences》。

其中，《Journal of Neuroscience》和《European Journal of Neuroscience》可能要求更多数据，比如显示与某人类疾症的相关性和/或细胞死亡相关机制的详尽分析，不过后者尚有发表可能，也许值得投去试试。《Journal of the Neurological Sciences》更关注临床，所以只有当OA处理已知是某个疾病的良好模型时，才可考虑投到这个期刊。但是，如果该研究确实显示存在这种关联，这是一个很好的目标期刊。《Biochemical and Biophysical Research Communications》的范围较广，发表各种生物领域的研究；神经生物学属于其兴趣领域，且该期刊表明它致力于迅速传播成果。对于希望尽快从编辑部获得回应或希望尽快发表论文的作者，这可能是一个很好的初步目标期刊。如果行为学数据较为新颖，《Neurobiology of Learning and Memory》也可以是一个很好的目标；该刊的“外联部”的答复速度很快，也很适合需要尽快发表的作者。最后，若结果中揭示“神经系统是如何运作的”等方面的内容，《Neuroscience》就是一个很好的目标期刊，因此，根据终稿的侧重点(如临床vs神经生物学vs行为学)和作者的需求(影响因子和出版时间)，可以将候选期刊按照其适合程度排序。

4 投稿信：推销你的稿件

出版空间以及编辑关注度的竞争异常激烈。将原稿投送给杂志编辑，附上一封信“原稿请见附件”是远远不够的。投稿信是你与拟投杂志直接交流的机会。除了写明你的研究与众不同外，还应直接向总编辑说明为什么你的发现很重要及其应该在此杂志上发表的理由。

投稿信应含有几个重要内容。具体内容可通过www.liwenbianji.cn/coverletter 链接下载。大家可根据批注中的建议起草你自己的投稿信，选择提出的句子类型替代括号中的句子。投稿信的格式几乎适用于所有投稿；当然，某些类别的论文需要加入额外的内容。例如，关于临床试验数据的存储信息通常需要附上一份临床试验报告，提供你的序列数据进入公共数据库的信息。

查阅目标杂志的《稿约》是每篇稿件的既定程序，其中很可能含有投稿信必须写入的内容。另外一个信息来源是杂志的投稿网页。尽管以下列出的内容以及关于“Edanz投稿信模版”中描述的内容不一定完全都是这些目标杂志所要求的，但所有这些都是投稿信中必不可少的，因为这样做可引起编辑对你的关注。以下方法适用于投稿信的撰写：

• 一些杂志根据其刊出文章领域的不同进行编辑分工，你可以根据不同的领域，有时也可根据编辑的专业背景选择最合适的编辑。直接称呼收信编辑，如：“Dear Dr. Smith”。如果不能找到合适的编辑，可将投稿信写给总编辑。
• 信的开头应写出文章题目，希望文章在杂志的哪一个栏目或作为哪一个文章类别发表，以及投稿杂志的名称。
• 之后简单叙述研究背景与理论基础，说明研究目的以及开展的工作。然后简单描述研究成果。
• 接下来的段落很重要。你需要向研究界解释你的发现的意义，特别是对杂志读者的意义。如果你不能解释为什么该杂志读者会对你的发现感兴趣，你需要选择另一家更合适的刊物，因为编辑只将他们认为会引起读者兴趣的文章送同行评议。研究一下你准备投稿杂志的“目标与刊出范围”会对你有帮助。
• 投稿信的最后一段应包含杂志所要求的声明或说明。这些通常包括关于利益冲突、基金资助与资助来源的声明，以及所有作者已阅读过并同意文章的内容以及未一稿多投的声明。每个作者的作者资格确认也是需要的。
• 最后，留下详细的通讯方式以及礼貌的结束语。

5撰写顺序与IMRaD格式

科学探索可以用不同形式来表现，因此就有了各种类型的论文，其中包括论著、综述、病例研究、方法学和理论性论文。目前，论著最常见的格式是IMRaD格式，也就是引言、方法、结果和讨论（introduction, methods, results and discussion）的缩写。这些部分一般位于摘要和参考文献之间，但也有些期刊中将“方法”部分居于最后。国际医学期刊编辑委员会(ICMJE) 在其出版的《生物医学期刊投稿统一要求: 生物医学论文撰写和编辑》第IV.A.1.a节（“通则”）中IMRaD格式及其目的作了如下说明：

“观察性和实验性论文通常(并非必须)分为以下几部分: 引言、方法、结果、 讨论，亦即“IMRAD” 结构。该结构并非强制性的论文格式，但的确能直观地反映科学发现的过程。长篇幅的论文中的某些部分可采用子标题(尤其是“结果”和“讨论”)，从而使其内容更加清晰。”

在以后的帖子里，我们将分别阐述IMRaD各个部分的要点以及一些应避免的常见错误。但要说明的一点是：各部分的撰写顺序和他们在论文中出现的顺序(和我们这里讲述的顺序)是不同的。好的撰写顺序应该使论文尽可能清晰、连贯。这里推荐如下撰写顺序(外加摘要和标题) ：

•方法
•结果
•简介
•讨论
•标题
•摘要

“方法”部分在研究开展过程中就可以写完，标准试验步骤甚至在做试验之前就可以完成。尽早完成“方法”部分使你能发现研究设计中潜在的问题，或之前未考虑到的额外对照。这样做的好处是：方法在实验开始之前还可以调整，避免将来费时费钱地重复做已经做过的试验。

“方法”写好、试验完成之后，接下来就是分析结果来确定它们是否支持你的假设，阐明他们到底揭示了什么。在此阶段就写“引言”属于不得要领，因为你的结果将决定你该如何“编排”你的论文，或者说把你的结果放在哪个背景下予以阐述。因此，第二步应该是分析和撰写“结果”。在这个阶段，你要决定如何表述资料(例如，用表、图、示意图还是照片；参见“图”部分的注意事项)，如何分析这些数据(参见“统计学”注意事项)，以及他们说明什么。作出上述决定后，你就需要来描述它们。

至此，你应该已清楚你的结果如何支持你的假设，也了解该领域的现有文献。此时如有必要，你尚可修改你的研究问题或更改研究的侧重点；如果你决定要修改，可能也另需重新分析数据和/或补充试验，才能构建出一个完整的研究故事。待这些都完成之后，再写“引言”来说明你工作的背景，然后撰写“讨论”来说明你的结果和背景之间的关联。最后，趁热打铁，完成摘要和标题。摘要和标题的要素请参见前一章的注意事项。

6留下良好的第一印象：写好标题的重要性

文章的标题是“钓饵”，应该用来吸引读者 --- “推销”你的文章，给读者浏览目录或研究结果的机会。标题写得差可能使原本感兴趣的读者忽略了你的工作，也可能引起文不对题的情况。相比之下，好的标题可吸引相关的研究人员，提高文章的引用率，这也是期刊编辑所青睐的，因为引用率与期刊影响因子直接挂钩。因此，写好正确的标题是很重要的。

好的标题应尽量简短，同时又能传递文章的主要发现。避免叙述过于繁琐并使用不必要的专业行话和缩略语。标题必须能被科学界的广大读者读懂，因为他们中的一些人可能并不具备你研究的专业领域的具体知识。标题宽泛到什么程度取决于目标期刊 --- 考虑目标期刊的读者情况，这通常会在期刊的网站上有所介绍；撰写的标题应便于被所有读者看懂，而不仅仅局限于你的研究领域。另外，应该查阅目标杂志的《稿约》，确保遵守字数限制的要求以及是否需要提供短标题。

实例：较差的标题

“Degeneration of neurons in the CA3 and DG following OA administration: involvement of a MAPK-dependent pathway in regional-specific neuronal degeneration”

这个标题太长，含有非标准的缩略语，内容重复，部分内容太具体。修改如下：“Region-specific neuronal degeneration after okadaic acid administration”。此外，也可使用“MAP kinase-dependent neuronal degeneration after okadaic acid administration”，但要考虑目标杂志的要求，因为缩略语MAP使用广泛，读者可懂。

练习：
丁香园网友应邀对以下标题进行修改：
“Carvedilol produces dose-related improvements in LV function and dose-related reductions in mortality and hospitalization rate in subjects with chronic heart failure from systolic dysfunction”

以下是网友“Qikaka”的修改建议：
“Dose-related effect of carvedilol in improvements in left ventricular function and survival in subjects with chronic heart failure”

改后的标题大大缩短：少了6个单词，合计61个字符。“survival”一词的使用涵盖了改善效果的两个方面(死亡率和住院率)，重复的“dose-related”也被删除了。最后，在新的标题中对缩略语LV做了精确的解释。

一些网友也贴出了自己文章的标题和摘要，询问是否合适。其中有不少标题写得十分不错，也有一些与其他相比需要更多修改。网友“Yelry”的这个标题就很好，清晰地体现了研究领域：“Ascending venography in the diagnosis and management of nonthrombotic iliac vein compression”

尽管表述清楚，但“Yelry”并未传达出重要的一点---文章的主要发现：该方法应该对于诊断十分重要，而且很有可能会区分开两组病例。因为这一重要性并未在标题中体现，作者“Yelry”可能会失去一些感兴趣的读者。虽然标题可以涵盖的信息量取决于字数的限制，然而只需在“ascending venography”后面添加“is valuable”，就可以比原标题传达更多的文章内容。

7快速预览：摘要与关键词

文章的摘要十分关键，因为很多研究人员只读摘要而不读全文。因此，摘要提供准确而详尽的研究总结十分重要：它可以帮助研究人员了解你所开展的工作、你的研究目的和研究发现以及研究结果的益处和重要性。摘要必须能够独立成文，具备研究概要的功能，使人不看全文就能读懂。在阅读摘要后对文章细节感兴趣的读者自然会继续阅读全文。因此摘要不必太面面俱到，例如，可不必列举方法细节。

尽管摘要是论文的第一部分，但事实上应最后撰写。在完成其他部分后应尽快写摘要，因为这些内容依然清晰地印在你的脑海中，使你能够对自己的工作进行简明而全面的总结，而不至于忽略任何重要的内容。不同期刊对摘要的撰写要求有所不同，因此应参照目标杂志的《稿约》了解具体要求。尽管杂志要求不同，但依然存在一些普遍应遵守的惯例：

• 应注意对字数的限制。通常来讲摘要的字数限制平均为250个词，但许多杂志要求更短些(如《Nature》和《BBRC》对摘要的篇幅限制为150个字)，而许多杂志(如《BioMed Central》)允许摘要篇幅稍长些。这充分说明了为什么应在写文章之前确定目标杂志。
• 应避免使用技术行话，从而使摘要更易懂，更具可读性。不同目标期刊的“技术行话”取决于杂志的读者情况(可以通过期刊网站查询)。例如：“焦虑测试”一词通常比“高架十字迷宫实验”更容易理解，除非该杂志专门针对行为研究人员。通常摘要因受篇幅所限不能对技术术语进行定义和解释。如果术语使用不可避免，应在首次提到时用简单的措辞加以定义。
• 如同技术术语一样，应尽量不使用缩略语，其可用性也取决于不同的目标期刊。例如，大多数杂志接受HIV的使用。相比之下，RT-PCR对于分子生物学技术的杂志是可以接受的，但绝大多数杂志要求在首次使用时给出完整拼写(reverse transcriptase polymerase chain reaction)。许多杂志在网页上列出可使用的缩略语。反复使用三次或以上的必要的缩略语应在首次使用时给出完整拼写。只使用一次或两次的缩略语应使用全称，除非这样做超出了字数要求。摘要中已给出全称的缩略语在正文中首次使用时也应给出全称。
• 尽管一些杂志允许在摘要中引用文献，但绝大多数杂志不允许引用文献。因此，除非你要投稿的杂志允许这样做，否则不应在摘要中引用文献。

以下是BBRC杂志作者须知给出的指导性意见：
• 摘要应放在第2页，即标题页之后
• 摘要应采用一段式，总结文章的主要发现，篇幅不超过150字
• 摘要后应列出10个用于收录和检索的关键词

一些杂志要求采用结构式摘要，分为背景、目的、方法、结果和结论。临床期刊可能要求额外或不同段落，如“patients”。因此，再次强调，在动笔之前应查阅目标杂志的《稿约》，确定杂志的具体版式或格式要求。

摘要后经常需要列出由作者选择的关键词。《稿约》会指出要求列出多少个关键词，甚至提供可供参考的关键词清单。选择合适的关键词很重要，因为他们可作检索之用。选择合适的关键词可以使你的文章更容易被发现和引用。因此，关键词越切合你的文章内容越好，应避免选择多数研究所适用的一般性术语。

实例：让为这个题目选择合适的关键词：
“Region-specific neuronal degeneration after okadaic acid administration”

好的关键词：okadoic acid、hippocampus、neuronal degeneration、MAP kinase signaling以及mouse (或是rat或其他实验动物)。

差的关键词：neuron、brain、OA (简写)、regional-specific neuronal degeneration以及signaling。这些词过于笼统。

摘要要传达出了所有的必要信息。其中十分清晰地表明了该研究的目的、都进行了哪些操作、有何发现以及这些发现的意义。

8引言：布局

“引言”必须向读者提供足够的背景信息，让他们明白你工作的来龙去脉。它不必也不应是该领域的全面文献综述—那是综述性论文的事情。相反，它应指出“现有问题”，也就是你的研究问题，从而确立该研究的根据。“引言”还应简要说明你如何着手这个问题，以及你取得的进展。换言之，“引言”应交待清楚：已有哪些相关的工作、为何需要此研究、你做了哪些工作以及你发现了什么。

在你开展研究之前，应该开展全面的文献检索；否则，就存在炒冷饭的风险。不过，在你正进行研究的几个月时间里，也有可能有类似或相关的研究发表。因此，应当随时、持续地检索文献，以确保你能立即获悉该领域的最新动态。“引言”中引用的文献应该新颖、平衡、且与你工作息息相关。也就是说，①与你报道的工作不直接相关的不要引；②要引用正反两方面的相关论文。除了引用你自己发表的研究以及赞同你的研究结论的其他论文外，也要引用与你的结果矛盾或持不同观点的论文；3)就某一方面的结果，只引最新论文，除非是用早前的文献来说明某种思维或方法的发展演变。只需引用最少量的背景信息，使读者能明白你研究的依据就够了。若读者想了解更多细节，他们自己会去读相关综述。所以，许多作者常常采用引用综述来缩短他们的“引言”。

在“引言”结尾可以简述一下你做了什么以及得到了什么结果，这一般是个不错的写法，但不要过于详细，否则就会变成重复“方法”和“结果”中的内容；每个部分写一两句即可。最后，任何非标准缩写、技术术语以及读者可能不熟悉的术语都要在“引言”中定义清楚。例如，一篇关于利什曼原虫的研究论文如果直到“讨论”才提及利什曼原虫是一种皮肤病（利什曼病）的致病寄生虫，将很不利于读者理解(或令读者头痛)。类似地，一篇关于蛋白Bcl - 10的研究论文也应该在“引言”中就说明这种蛋白可导致细胞凋亡和激活信号分子NF-κB，而不要留到“讨论”才讲。

实例
上面这个的例子发表于The Journal of Clinical Investigation (doi:10.1172/JCT38289经授权转载)。作者先清楚地点出问题，接着用5段话的背景材料(此处略)来解释既有研究的结果及其意义；然后顺理成章引出本研究的根据，最后再水到渠成简介本研究的内容。本文作者不在“引言”中提及他们的研究结果，可能由于这里对本研究工作已叙述得比较详细，不过更有可能是由于JCI上的文章“引言”之后紧接着就是“结果”，而“方法”部分在“讨论”之后才出现。

核查清单
1. 用最少量的背景信息传达“现有问题”或者假说
2. 表述清楚“现有问题”或假说的背景。
3. 引用平衡的且较新的文献。
4. 明确定义技术术语和不常见的术语。
5. 最后一段简述做了哪些工作和取得了什么结果。

9方法：你所做的工作

“方法”部分应包含足够的信息以供其他研究者准确重复你描述的试验；如果其中有关键信息遗漏，别人就无法完全重复你的实验条件；这会引起结果不一致，有可能造成误会，甚至还会被人指责造假。所以“方法”部分要力求全面。

“ 方法”部分应该使用过去时态，例如：“sections were stained with…” and “data were analyzed using…”。但是在提及图表时应使用现在时，例如：“The patients’ clinical characteristics are listed in Table 1”。 此外，当你在叙述某个事物的定义或当前对它公认的看法时也要用现在时，例如：“the cells were subjected to hypoxia, which induces HIF-1 expression…”。这句话中，虽然实验部分是用的过去时，但由于缺氧(hypoxia) 导致HIF-1是一个普遍现象而不是限定于本文的结果，因此后面半句应该用现在时。

要列出所有试剂的供应商以及设备的厂家；有的期刊还要求列出其地址，即国家、州(如为美国)和市。叙述设备、试剂盒、试剂的时候应该用常用术语来具体描述，不要只用厂商的专门术语或只写型号。比如，不要写成：“Absorbance in each well was measured at a wavelength of 492 nm using a Beckman Coulter AD 340C”，因为大多数人都对Beckman Coulter AD 340C没有任何概念；应该写成：“Absorbance in each well was measured at a wavelength of 492 nm using a multi-well plate reader (AD 340C, Beckman Coulter)”，或者“Absorbance in each well was measured at a wavelength of 492 nm using an AD 340C multi-well plate reader (Beckman Coulter Inc, Fullerton, CA, USA)”。

“方法”部分只能包括最终得出结果的实验方法。如果某个试验失败了或者没能提供你需要的结果，而且你已经决定论文中不提这些结果，那么也没有必要去谈其试验方法。用适当的子标题把各种不同目的的材料和方法分类。如果期刊设有“补充方法 ”（Supplementary Methods）部分，则可用这部分来详述细节，并让纸面刊出的“方法”部分保持简短。新方法应该详细叙述以便他人重复；标准和常用技术只须引用文献即可，但如果你的方法和文献有差异之处应予说明。尤其要保证所有单位都正确，实验条件(如时间、温度)都清楚。最后，如果开展了统计学分析来评价研究结果的意义，则应在“方法”的最后一段叙述你的统计学方法，包括所选择的显著性阈值。

实例
“…homogenates were spun at 10,000 × g and 4 °C for 12 min”
这句话包含了时间、温度两个重要细节。而：
“…homogenates were spun at 10,000 × g” 和更简化的 “homogenates were centrifuged”
两个句子中就遗漏这些细节。这些细节有可能对得到你的结果很重要，所以应该给出。
同理，不要只写：“Then, 10 μl of a propidium iodide solution was added to the cells”，因为这对读者毫无意义，除非他们知道该溶液的浓度。应该写成：“Propidium iodide was added to the wells to a final concentration of 0.5 μg/ml”。

下图节选自《The Journal of Clinical Investigation》所发表的一篇论文(doi:10.1172/JCI37155;经同意转载)的方法部分。它显示了“方法”部分的各种要素以及他们如何组合的。

核查清单
1. 用清楚的子标题列出用于不同目的的方法和材料。
2. 研究方法用过去时。
3. 新方法给出充足的细节以便他人重复。
4. 已有方法可用参考文献。
5. 写明厂家/供应商，必要时应提供地址。
6. 说明所采用的统计学方法。

10统计：如何解读结果

如今已没有几个行业可以完全不涉及统计学思维的，绝大多数学科都多少需要使用统计学….. 统计学已经从我们日常思维的一个方面发展为无处不在的系统性研究工具….统计学思维承认： 我们对世界的观察总存在某些不确定性，永不可能完全准确。
Rowntree D (1981). Statistics without tears. A primer for non-mathematicians. Penguin Books Ltd., London, England.

统计是指收集、处理和解释数据的方法。由于统计方法是科学探索的固有内容，因此我们的博客已经在研究设计、方法、结果、图表等数处提及统计。但考虑到统计在多数科学研究中的重要性，有必要专门讲解其使用和表达。

在开始研究之前，在初步的研究设计中就应该考虑统计。首先，要考虑你需要收集哪些信息来检验你的假设或解答你的研究问题。研究有个正确的开始非常重要；虽然数据检验错误相对容易弥补，要用另外的样本组重新收集数据或者从同一样本中追加获取变量可就费时费力得多。如果你想检验某种疗法对普通人群的效果，你的样本要能够代表这个群体。如果比较的是分别有两种疾病或行为的两个群体，那这两个群体的其他变量如年龄、性别、种族需要尽可能一致。这些涉及的都是数据收集；如果在这一步就犯了错，你就有可能遇到严重的问题，甚至可能会在数个月后在同行审稿阶段遭到严重质疑而推翻重来。

其次，你要考虑要采用何种统计检验才能从数据中提炼出有意义的结论。这取决于数据类型。是用来表达某种标志物存在与否的分类数据吗？还是有具体数值的定量数据？如果是定量数据，是连续数据(测量所得)还是离散数据(计数所得)？例如，年龄、体重、时间和温度都是连续数据因为他们的值是在连续，无限可分的尺度上测量出来的；相反，人和细胞的数目都是离散数据，他们不是无限可分的，他们的值是通过计数得到的。你也需要知道你数据的分布：是正态(高斯)分布还是偏态分布？这也关系到你该采取何种检验。你一定要知道你收集的是何种类型的数据，这样才能用适宜的统计检验来分析和恰当的方式来表示。下面这个网址提供了选择适宜检验方法的指南，可能会有所帮助：http://www.graphpad.com/www/Book/Choose.htm

最后，需要知道如何解读统计检验的结果。P值(或 t、 χ2 等)代表什么意思？这是统计检验的关键：确定结果到底意味着什么，你能下什么结论？统计能告诉我们某一数据集的集中趋势(如平均值和中位数)和离散趋势(标准差、标准误和百分位间距)，从而明确该数据集的分布情况。统计学可以比较(如用t检验、方差分析和χ2检验)两个或多个样本组之间是否有非偶然的系统性差别。如果检验表明无效假设可能性很小，则差别具有显著性。一定要记住，用概率简化差别的“真实性”造成了两种风险，两种都取决于所选取显著性的阈值。第一个是第1类错误，是指本没有显著性差异之处检出了显著性差异。另一个是第2类错误，是指本有显著性差异但由于差别不够大而不能捡出。降低第1类错误的风险就会增加第2类错误的风险；不过这也比下不存在的结论要好。统计学也能给出关联的强度，从而允许从样本组中推断出适用于更广群体的结论。统计学赋予了本身价值有限的结果更多意义，并允许我们用概率下结论，虽然总是存在错误的可能。

实例

节选自《The Journal of Clinical Investigation》 (doi:10.1172/JCI38289; 经同意转载)。

清单
1. 在列举数据时，说明使用的是何种参数，如“均值±标准差”。
2. 说明数据分析所采用的统计检验方法。
3. 百分比给出分子分母，如“40% (100/250)”。
4. 正态分布数据用均值和标准差表示。
5. 非正态分布数据用中位数和 百分位数表示。
6. 给出具体的P 值, 如 写出 “P=0.0035”，而不要只写 “P<0.05”。
7. “significant’ 这个词仅用于描述统计学上的显著差异。

11结果，你发现了什么

“结果”可能是论文最重要的部分。在这部分你要叙述主要的研究结果，读者想知道的也就是这些。而且，研究结果还影响到”引言”和”讨论”部分的编排，目标期刊的选择和以及后续研究的方向。

在开始撰写“结果”之前，你应全盘考虑你的试验发现，并审视他们到底意味/提示什么。此时你应该已经完成了数据分析，并已制作了几幅图表以便简单明了地展示结果。后文将有一些图表制作和统计分析方面的注意事项，所以这里就暂不赘述。不过，一定要记得：图是“结果”的重要组成部分，所以图、表、正文之间不能有重复的叙述。简而言之，如果用图表比用文字表达得更清楚，就用图来表达，然后在正文中简单提及；如果用文字就可以简单阐明，就无需再用图来表达。

一旦确定要把哪些结果纳入正文以及这些结果的意义，，你就可以把它们按一个符合逻辑的顺序组合成一个“故事”。在“引言”部分已经说明了假设或拟研究的问题；现在，在“结果”部分展示你收集的全部证据，用于支持你的假设或排除其他备择解释。用现在时态的子标题把每种不同的结果分成单独的小节。这些子标题应该与“方法”部分的子标题以及图表的标题相互对应。与“方法”部分一样，叙述“结果”时应使用过去时。你用于支持假设的证据种类越多(以及越不含混)，你的结论就越无可置疑。这里暂时不要去讨论你结果的影响或大谈其意义—那是“讨论”部分的任务。这里只用展示你的证据，然后留待读者自行去下结论。

“ 结果”部分经常需要比较样本和对照，或者比较某个时间点前后的结果，所以有必要了解陈述比较时一些常犯错误。其中一些也包括在“克服语言障碍”一章的注意事项中。最重要的是“同类事物间才能做比较”。例如，有这样一个句子：“Expression levels of p53 in smokers were compared with non-smokers” 就应该改成“Expression levels of p53 in smokers were compared with those in non-smokers”。这里的一个关键是“were compared” 这个短语(其他句子中也可能是 “compared with”)的位置。如果这个短语位于被比较双方 (如此例中：吸烟者的p53 levels 和 不吸烟者的p53 levels)之间，那么比较的双方都必须要有足够的信息来清楚界定到底比较的是什么。也可以把这个短语放在被比较双方之前或之后，例如：“Expression levels of p53 in smokers and non-smokers were compared”。叙述比较的另一个问题是，比较性的词语如“more”，“higher”和 “faster”等，后面需要跟一个”than”开始的从句来解释是比谁多、高或者快。比如，“transgenic mice showed higher levels of cortisol”这个句子中是比谁高就不明确，因此应该加上“than control mice”。

示例
下图节选自《The Journal of Clinical Investigation》上一篇论文的“结果”部分(doi:10.1172/JCI37155；经同意转载)。其中显示了“结果”部分的一些要素。

核对清单
1. 你的数据如果用图表更容易表达就用图表；反之用文字。
2. 使用过去时叙述结果。
3. 同类事物才能做比较。
4. 图、表、正文内容不能重复。
5. 正文中说明统计分析结果，如P值。

12讨论：你的研究有何意义？

“讨论”部分非常重要。在这部分，你要把“结果”中展示的证据线索和“引言”中的背景资料关联起来。遗憾的是，许多作者(特别是来自非英语国家的作者)常常不够重视“讨论”部分，认为只需把结果罗列出来，然后让读者自行去得出结论即可。但是，给出结果而不说明其意义只会造成随意解读，从而影响研究获得应有的影响力。而期刊编辑往往希望论文能推进该研究领域，并形成影响；所以有必要善用“讨论”部分来尽可能增强论文的影响力。

好的“讨论”可以在开头先重申一下“引言”中提出的研究问题和假设，接着总结一下你的主要研究结果。这样一来，读者对于你是否推进了该领域的研究就一目了然了。从最重要或最相关的结果写起，然后再转向相对次要的内容。此刻暂不要讨论有争议或者难以解释的结果。这个阶段，你只须描述那些能直接回答“引言”中提出的问题或与假设直接相关的主要结果。不要用那些数据不支持的“大而空”的语言，也不要夸大结果的重要性。用“suggests” 比用“shows”更好，切忌使用 “proves”。此外，要尽量不要重复结果”部分的内容，而只需简要说明主要结果然后再谈其含意。这部分需要变换时态，叙述你的结果以及文献结果时用过去时，论述其意义时用现在时。

“讨论”的第二部分常被忽视，并往往造成拒稿。重申问题和结果之后，还需要陈述其相关性和重要性。你需要把你的结果放在文献研究背景中加以比较，并讨论其意义。这部分构成了“讨论”主体；他告诉读者(当然还有编辑)：从已有文献的基础上来评价，你的结果到底有什么意义？它们与其他研究者的工作之间存在什么关联。你的研究可能存在备择解释，对此应予提及并尽可能排除(或者至少论证它们的可能性很低)。如果仍有备择解释无法排除，你的研究就属于“尚未完成”，或者至少是“尚在进行中”；在这种情况下，你需要在“讨论”的结尾部分，提出将开展哪些实验来进一步排除备择解释或确认哪种解释才是正确的。

主要结果和背景的关系理清之后，就可以提及有争议或难以解释的发现，并提出可能的解释。没问题，这里你可以猜测，只要不要太过分。关键的问题是，你讨论和阐述了这些问题，而不是置之不理。“讨论”部分不能出现新术语或新结果；所有结果都该在“结果”部分叙述完整；所有术语也应在“引言”中就提出。最后，“讨论”部分要解释一下此研究的局限性。与其等审稿人指出，不如自己提出；这样也许反而会增加正面审稿意见从而缩短发表周期。一个研究存在局限性本身并不是问题，大多数研究都有这样那样的局限性。所以重要的是要承认它并提出在进一步研究中如何克服。在阐述完局限性之后往往紧接着就是描述未来的研究。

有些期刊有单独的“结论”部分；就算没有，也要在“讨论”的最后一段点明研究的结论。最后一段 (或最后一部分)应简要复述一下主要研究结果及其重要性，陈述该研究如何推进了本领域的研究，但不要用完全相同的语言。要提及结果的新颖性和重要性，但再说一次，不要夸大其词。如有必要可以提出进一步研究，如果本工作是初步研究则进一步研究可放在最后一句。若不是初步研究，就可以用明确的措施来总结本研究的影响，但仍要注意不要夸大其词。。

示例
下图节选自《The Journal of Clinical Investigation》上一论文的讨论部分(doi:10.1172/JCI37622； 经同意转载)。其中显示了讨论部分的一些要素，其末尾是一个结论段落。

核对清单
1. 开始先复述研究问题，然后陈述主要结果。
2. 过去时叙述结果，现在时谈意义。
3. 将研究结果同现有文献作比较，陈述其意义。
4. 陈述所有结果的意义，不要忽略那些“不便提及”的内容。
5. 不要在“结果”部分简单重复其他部分已有的内容，不得引入新术语/报告新结果，或夸大其词。
6. 给出本研究的局限性和将来研究方向。
7. 结尾用明确的措辞陈述本研究的相关性和重要性。

13图表：一图值千字

在“摘要”一节的注意事项中我提到不少读者只读摘要，所以摘要必须能独立成文，并能说明所有主要结果及其意义。有的读者会随后再看一下图表来核实一下摘要中提到的结果，但仍然不读全文。所以，跟摘要一样，论文的图表(外加其标注)也必须能独立成文，不用读正文就能看懂。

图表用于形象地表示正文所述结果。简而言之，他们是表达结果最有效的方式。好的图表可以把获得的结果迅速、准确地传达给读者(远比读正文为快)。对于研究人员来说，一方面他们所处的领域飞速进展，另一方面他们又缺乏足够的时间追踪研究进展，因此，如果你能迅速地把自己的研究结果传递给他们，他们自然感激不尽。期刊编辑和审稿人当然也喜欢简洁明了的论文。所以制作高质量的图表来清楚传达研究结果还是很有必要的。

和其他部分一样，制作图表也有一些“规则”。首先要了解目标期刊允许多少图表，不要超过这个限制。如果限定的图表数目不足以表达你的结果，可以把有些放在“补充信息”（Supplementary Information）部分，或者在正文中叙述并加个说明“(data not shown)”。不过，只有不重要的附属性结果才能这样叙述，而那些支持你假设的结果则必须展现出来。如果你的首选期刊不足以展现你的所有重要数据，你可能需要考虑换个期刊。反之，如果期刊允许的图表数目超过你的需要，也不要加上多余或不必要的图表来凑数。每个图表必须要有明确、必要的目的。

其次，图表中的数据要易于解读。考虑好让每个图表显示多少数据，以及数据如何组织来传递重要信息。所以，与其把各种参数或治疗方法都合并在一个图中，不如考虑分别用一个简单子图表示然后拼成一个组图。图的坐标、表的行列、以及示意图的各部分都要标记清楚。如有趋势线、标尺和统计检验结果，均应予以标明；比如用星号表示显著性，或不同的符号来表示不同的显著性水准。对于大样本，除了报告绝对数值之外还要有变化或差异的百分比。

第三，图表的标注也应该独立成文，并且无需阅读全文就能完全理解。因此，缩写要么不用，要么先定义后才用，同时应该避免使用技术术语。标注应清楚说明做了什么、观察到了什么；也应简述使用了什么统计检验，给出P值，并对所用的符号进行定义。除了其中描述方法的语句，标注和图表标题都应采用现在时。比如，应该写：“Western blot showing an increase in the levels of p53 after…”而不是“Western blotting showed that the levels of p53 increased after…”。

最后，与“结果“部分的注意现项一样，图表和正文之间不应有重复叙述。所以，容易用文字简要描述的就不要用图表，而且图表之间也不应有所重复，例如，图中已有的信息就不要又用表再显示一次。图表和标注不要嵌在正文中间。出版单位会把你的正文和图表合并成一个目标杂志特有格式的“校样”。他们通常要求作者提供单独的图表文件(偶尔可以放在稿件末尾)和单独的正文文件（其中包含图表标注的列表，通常在”参考文献”之后)。参照目标期刊的《稿约》以确定其具体要求。
先制作清楚、高质量的图表，随后就可以轻易地撰写“结果”部分。图表可以按逻辑排列组合来一步步推进你的论证，或巩固你的假设。给每个主要结果分配一个图表和一个小节；小节的标题应和相应的标注相似；小节内的正文简要叙述其相应图表内含结果，其中统计分析结果要叙述完整，需要展示更多细节时告知读者参见图表。

表格最适合用很少的叙述展现大量数据。上表节选自《The Journal of Clinical Investigation》上的一篇论文(doi:10.1172/JCI37622; 经同意转载)。表中数据非常清楚简练，如果用正文叙述这些数据需要大量文字，用表格则大大节省了文字。正文中只需提一下“患者和肿瘤样本的临床特征见表1”即可。下图来自同一论文，其中包括了本文提及的优秀图表的多项要素，具体请见下面的清单。

清单
1. 图表标注要“独立成文”。
2. 遵守图表数目限制。
3. 图表之间以及图表和正文之间均无重复叙述。
4. 各个参数的数据分别用组图中的一个子图表示。
5. 标出标尺、趋势线和标记；显示统计检验结果。
6. 符号和缩写要么不用，要么先定义再用。
7. 对于大样本，给出绝对数和变化/差异的百分比。
8. 图放在单独的文件中或放在稿件末尾；不要嵌在正文中间。
9. 参照《稿约》确定图表格式、大小、颜色、数目和其他要求。

14投稿：最后检查

论文写完之后，要严格自查并/或找一位同事评价一下，尽可能确保文章具有很强的科学性和良好的撰写方式，然后就可以投向目标期刊了。此时你应该已经挑选出最合适的期刊，并已经写出一份有说服力的投稿信给编辑。检查目标期刊的《稿约》，确保遵循了所有要求；如果没有，那就要在投稿前做相应改正以免将来造成延误。其中包括稿件和所有插图都保存为正确格式和所要求的分辨率。

多数期刊鼓励在线投稿，这通常需要在目标期刊注册一个投稿帐户。这是一个分步过程，通常要求输入全名、单位地址、最高学位和所有作者的详细联系信息(不仅是通讯作者)。注册之后，投稿作者把所有相关文件（包括正文、投稿信、插图文件和补充材料）上传到期刊的网上投稿系统。

一些期刊规定以邮递方式投稿，要求提交规定数量的论文打印件和含所有文件的光盘。通常每个作者都要签署声明表示同意向杂志投稿并在论文上署名，不过有些杂志现在也通过电子邮件进行确认。投稿过程中可能需要交纳投稿费，但是大多数情况下出版费都是论文被录用之后才会征收。任何从已发表的文献中转载插图或其他内容都要获得许可，有时在投稿时杂志社就会要求你提交此类许可证明。若论文被录用，论文的版权就要转让给出版商；有时，在投稿时就要填写一份版权转让表。

投稿过程有时允许你推荐或排除潜在的论文审稿人。如果没有这个过程，你也可以在投稿信中推荐或排除。期刊编辑会尽力任命独立专家为审稿人，但也知道许多领域的实验室之间存在激烈竞争。他们很清楚：你尚未公开发表的数据具有敏感性，把它交给直接竞争对手有可能不合适。所以，他们愿意知道谁可能是“友好的”审稿人，谁可能不那么友好。编辑们几乎肯定不会只任命你推荐的审稿人或排除所有你请求排除的人。他们会用你提供的信息来客观地决定谁应该和不应该审读你的稿件。

在选择哪些专家可列入“推荐审稿人”时，你应该考虑那些你论文所赞成的研究或观点的作者；比如，若你的工作基于之前发表的一篇文献并发展或确认了其结果，则该文献的资深作者就是好的候选人。你的参考文献可以帮你找出这些候选人，仔细阅读他们的论文就能知道他们的观点是否与你相符或相反。在理想状态下，你的研究发现能支持你所推荐的本领域资深研究者所提出的观点。相同领域内的国际合作者也可成为“友好的”审稿人，不过如果你们之前共同发表过论文可能会被编辑以偏向性理由排除。

确定谁应该被排除出审稿人行列要更为困难。但是，如果你知道有另一实验室在做同样的工作(也许你在最近召开的一次会议上听过该实验室成员做的报告或张贴的壁报)，就可以请编辑把该实验室的主要研究者排除出审稿人行列。此外，也要请编辑把观点或假设与你相反的研究者排除在外。

当然，期刊会要求任何审稿人完全客观地评议你的稿件。而且，编辑也会在一定程度上评估你的稿件来判断审稿人的意见是否公正。如果收到的审稿意见完全相互矛盾(如一个非常正面，另一非常负面)，编辑可能会再找一个审稿人来评议直至对审稿意见满意，这会推迟你投稿的决定意见。归根结底，只要研究的设计和实施都没有问题，结果有新颖和有趣之处，行文清楚简洁并符合《稿约》，你的论文就有最大的机会能逾越这些障碍并最终被录用。