最近在解一个结构，一个400个氨基酸左右的蛋白，晶体泡重原子得到了相位，phenix合成的初始模型能看到将近10个alpha螺旋，溶剂区跟蛋白区分得很开，表明相位求解正确，但是再用这个模型分子置换后发现得到的结构很怪异，缺失了很多Loop区域的结构，用VIM编辑pdb再分子置换等等试了好多种方法都不行。最后求助一位高手。问题解决了。
方法如下：先用refmac5将phenix初始合成的model用“Phase and FOM”选项扩展一下相位，然后将输出的MTZ用CCP4i中的DM改善一下，最后用ARP/wARP自动搭模；一般成功的概率比较大。
后来的复合物蛋白用上面修好的400个氨基酸左右的蛋白phaser后，电子密度中隐约能看到另一个小蛋白的密度，但是没有置换出来，而且密度很差无法手工搭模。用上述同样的方法，最后搭出了将近95%的氨基酸。最后结构修正也很顺利。
虽然结构修正phenix 整体比refmac5效果要好，但是refmac5在某些情况下还是很强大的，某些时候简直就是杀手锏。


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