最近在解一个结构,一个400个氨基酸左右的蛋白,晶体泡重原子得到了相位,phenix合成的初始模型能看到将近10个alpha螺旋,溶剂区跟蛋白区分得很开,表明相位求解正确,但是再用这个模型分子置换后发现得到的结构很怪异,缺失了很多Loop区域的结构,用VIM编辑pdb再分子置换等等试了好多种方法都不行。最后求助一位高手。问题解决了。
方法如下:先用refmac5将phenix初始合成的model用“Phase and FOM”选项扩展一下相位,然后将输出的MTZ用CCP4i中的DM改善一下,最后用ARP/wARP自动搭模;一般成功的概率比较大。
后来的复合物蛋白用上面修好的400个氨基酸左右的蛋白phaser后,电子密度中隐约能看到另一个小蛋白的密度,但是没有置换出来,而且密度很差无法手工搭模。用上述同样的方法,最后搭出了将近95%的氨基酸。最后结构修正也很顺利。
虽然结构修正phenix 整体比refmac5效果要好,但是refmac5在某些情况下还是很强大的,某些时候简直就是杀手锏。
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又一次做实验到凌晨3点