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[转载]手把手教学系统进化树构建

已有 1610 次阅读 2021-7-31 19:10 |个人分类:经典转载|系统分类:科研笔记|文章来源:转载

系统进化树(phylogenetic tree)

具有共同祖先的各物种/类群相互间演化关系的树,又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、系统树等。

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为什么要构建系统进化树?

1. 推测进化模型。从进化树拓扑结构和枝长中推测背后的进化机制。

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2. 预测模型.体现的是机制,机制清楚了,就可以对关键位置进行预测。

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构建系统进化树常用的方法

1. 基于距离:

UPGMA(类平均法)

ME(Minimum Evolution,最小进化法)

NJ(Neighbor-Joining,邻接法)

2.基于特征:

MP(Maximum parsimony,最大简约法)

ML(Maximum likelihood,最大似然法)

Bayesian Inference (BI,贝叶斯方法)

系统进化树的评估

自展支持率:Bootstrap support

构建系统进化树的流程

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构建系统进化树的常用软件

PAUP,商业软件,集成的进化分析工具

MrBayes,Phylobayes (蛋白)

PhyML, RAxML

MEGA,图形化的软件,使用方便

Online server/platform

流程详解

1.获取数据

数据类型:

核苷酸序列,氨基酸序列,形态学数据……

数据格式

纯文本文件:

>Arabidopsis01【 OTU,运算的分类单元,类群/个体/基因型】AAATCGGGTTCCCTT(数据)

3. 准备数据原始文件

用Notepad打开txt文件

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利用Bioedit软件排列

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用ClustalW 排列矩阵

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手工校正

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在Bioedit下Fasta格式保存

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用DAMBE软件转换格式

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用PAUP构建最大简约(MP)树

编写PAUP4运行脚本“PAUP_MP-脚本.txt”文件

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运行test1-PAUP.NEX

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用treeview打开结果文件test1_MPhs.tre,显示最大简约树(矩形树)

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最大似然( ML)树的构建

用PhyML软件构建ML树,数据格式:*.phy

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打开PhyML软件包,从输入文件包中拷贝test1.PHY,粘贴

双击 PhyML-3.1_win32.exe,

输入文件名:test1.phy,按照屏幕提示选择各项参数

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用treeview打开树图文件test1.phy_phyml_tree.txt

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分支旁边的数字是自展支持(bootstrap support)率。

利用MEGA软件构建系统树

用MEGA软件打开fas格式文件

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用MEGA软件打开test1.fas,选择序列类群

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打开phylogeny下拉框,构建最大简约(MP)树

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选择建树参数

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显示并编辑树图

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输出树图文件

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PhyML平台构建系统树

https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PHYML/interface.html

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CIPRES平台构建系统树

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iTOL平台编辑系统树

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http://www.360doc.com/content/18/0620/16/45962007_763868878.shtml




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1 杨正瓴

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