该博文是为了那些需要学习Linux下的gromacs但习惯用Windows的用户(Linux初学者)。
1)在windows系统下安装虚拟机(如VMwareWorkstation-v6.0.0.45731,步骤略)
2)在虚拟机上安装Linux系统,方法步骤见视频(这里以Redhat Linux 4为例,安装需勾选包括gcc等软件的develop tools选项)
3)安装Wmware-Tools
点击虚拟机工具栏中的“VM”中的“Install VMware Tools”,在虚拟机中会出现一个名称为VMware Tools的虚拟光驱。 右键打开终端,将文件夹/media/cdrom/下的所有文件拷到/home/下,依次输入命令:
tar xvzf *.tar.gz (回车)
cd vmware-tools-distrib (回车)
./vmware-install.pl (回车)
一路回车,至此Vmware-Tools安装成功。
4)设置共享文件夹(便于虚拟机与原windows系统进行文件互访)
点击虚拟机工具栏中的“VM”中的“setting”,将Options中的“share folders”改为你打算共享的文件夹(比如该文件名称为“share”)。
5)将文件gromacs.tar.gz复制至share文件夹下;进入虚拟机中的Linux系统,将该文件copy至/home文件夹下。
命令:cd /mnt/hgfs/share
cp gromacs.tar.gz /home
cd /home
tar xvzf gromacs.tar.gz
cd gromacs
chmod +x md_setup.sh
./md_setup.sh
然后漫长的等待。。。
安装结束后,测试是否安装成功。
命令:ls /opt/gromacs/bin
如果该文件夹下有很多文件,则表明gromacs安装成功。
添加路径,方便使用gromacs。
命令:echo $PATH (假设输出结果为“/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/root/bin”)
vi编辑文件/etc/profile,添加“/opt/gromacs/bin”
再输入命令:
PATH="$PATH:/opt/gromacs/bin:."
export PATH
至此,可正常使用gromacs了。
https://blog.sciencenet.cn/blog-44565-508746.html
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很感谢Soft Matter和Google Scholar对小民的帮助