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生物学分析软件汇总

已有 5680 次阅读 2013-1-22 21:55 |系统分类:科研笔记| 生物学, 软件

遗传作图:

Joinmap4MSTSNPmapmaker

QTL定位:

    WinQTLcart2.5; QTLmapper; QTLnetwork

基因组拼接:

Phrap; Soapdenovomiravelvet;

转录组拼接

     Cufflinks; Trinity; Oases;

比对软件:

     Blast; ABblast; soap; maq; bowtie; bwa

基因结构注释:

     Genscan; snap; GlimmerHMM; Augustus; Fgenesh; PASA;

基因功能注释:

    Interproscan; KEGG; WEGO

重复序列注释:

LTR_FINDER; LTR_STRUC; Piler; Recon; RepeatModeler; RepeatSout; Trf; MISA; RepeatMasker;

非编码RNA注释:

SnoscantRNAscan-SEsnoGPS

 



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