讨论一个问题:
有1000多个株系的RI群体,根据几个性状的的考察值,分别选出20-30个极高和极低极端值的RI株系,构成一个新的作图群体进行QTL分析。接下来的问题是:通过这种方法得到的RI群体与通过随机选取方法从这1000多个株系中选取的200-300个RI群体有什么不一样?
(1)基因型会不会有很大的偏分离?
(2)QTL检测的效应值是不是能提高?
(3)检测到QTL的数目是变少,还是变高?
对这些问题:
如何从理论上进行分析?
如果通过实际数据进行模拟?
注:农科院王健康老师他们开发的“QTL icimapping" http://www.isbreeding.net/download_software.aspx?soft_id=QTL%20IciMapping 是乎可以完成这样的工作。
https://blog.sciencenet.cn/blog-43321-305131.html
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re-sequence需要多高的覆盖度