漫谈肿瘤基因检测与靶向治疗

        基因检测与靶向治疗，已经在攻克癌症多年来都是世界性医学难题的路途上，开启了一束希望之光。那么究竟肿瘤基因检测与靶向治疗是怎么一回事呢？

        基因检测是制胜法宝。所谓基因检测，就是通过采集被检测者的血液、细胞、组织等样品，获得被检测者的DNA分子信息并用特定设备进行分析。在医学上主要用于寻找被检测者DNA中的突变基因或敏感基因型，从而预测被检测者患上某些疾病的风险。这些基因突变是引发人体内细胞异常生长与扩散的关键，也就是导致癌症的发生，所有癌症都包含了患者细胞内DNA上的基因变化或突变，可见意义重大。

        基因检测对送检组织要求是蛮严格的。通常需要将新鲜的离体肿瘤组织，立即放入且完全浸泡在大于5倍体积的10%中性福尔马林溶液或组织RNA常温保存液中（推荐用组织RNA常温保存液）。基因检测检出率是这样排序的，新鲜组织>石蜡切片>胸腹水细胞>外周血。基因检测要求，一年内的肿瘤组织可以直接送检；而一年以上的肿瘤组织有可能DNA降解，无法检测或者检测失败，推荐送外周血进行检测。

         基因检测原理大致是这样的。通过高通量测序平台，能够捕获到血液循环系统中正常组织释放的循环游离DNA（cfDNA）和肿瘤细胞释放的循环肿瘤DNA（ctDNA），通过生信分析比对和过滤，可以去除掉实验和测序过程中产生的干扰，精确的识别肿瘤细胞来源的ctDNA，同时会把受检者的DNA与人类参考基因组进行比对。

         基因检测报告出来，有的时候会很懵是不是，看看这一段可能就懂了。

         01 阴性报告是什么意思？说明在产品承诺的检测范围和最低检出限内未检测到有临床意义的基因突变的，不排除受检者携带检测范围以外的基因突变，或者基因频率低于最低检出限的基因突变。

         02变异的拷贝数是否会在报告中体现？这是一定的，且会显示具体数值。

         03 为什么在有的报告中，显示有基因突变，但是没有用药说明？如EGFR，c.2398G>A， p.D800N突变。这可能检测出来的基因突变，虽然是肿瘤细胞携带的基因突变，但不是药物的作用靶点，与用药不相关，因此没有用药说明。

         04 是否可以出英文报告？如果有需要，及时与工作人员说明，可以出具英文报告的。

         05 肿瘤细胞释放的循环肿瘤DNA（ctDNA）检测涉及的688个基因，是否都会检测它们的扩增？扩增属于拷贝数变异检测（CNV），包含CNV（扩增和缺失）分析，其中绝大多数基因，都是可以有效检测扩增的。对于一小部分基因，比如化疗用药相关基因，由于没有全长覆盖，扩增的检测性能有限。但这些基因的扩增目前也没有临床指导意义。

        06肿瘤个体化诊疗基因检测报告中没有检测到基因突变，但TMB依然有检测结果？TMB 是指肿瘤基因组编码区平均每百万碱基中被检测出的，体细胞基因编码错误、碱基替换、基因插入或缺失错误的总数。TMB可以通俗理解为基因突变的个数 。TMB必须使用二代测序的大panel才能进行分析。血液肿瘤突变负荷（blood-based tumor mutational burden, bTMB），通常指一份肿瘤外周血样本中，全外显子测序或靶向测序所检测基因区域每兆碱基中发生的，体细胞非同义突变或所有突变的数目。bTMB源于肿瘤细胞释放到血液循环中的DNA(ctDNA)，bTMB与tTMB正相关，可以在一定程度上反映肿瘤组织的TMB水平。检测报告没有展示检出变异，是没有检出临床可能相关的基因变异，并不是说送检样本中不存在基因变异。

        07 为什么检测报告中有些患者有MMR基因突变，MSI的结果却不是MSI-H？MMR（错配修复）是指在含有错配碱基的DNA分子中，使正常核苷酸序列恢复的修复方式；主要用来纠正DNA双螺旋上错配的碱基对。MMR相当于盖房子的瓦匠，如果有砖头放错了，需要进行修理。如果MMR发生突变，则失去了修复的功能，基因错配积累过多后，会导致基因破碎，这就是微卫星不稳定（MSI）。MSI状态作为一种DNA分子表型，不等同于MMR蛋白表达或MMR基因突变。MMR蛋白的免疫组化（IHC）结果，仅能反映其蛋白相关抗原决定簇表达量，并不能被直接表述为蛋白功能是否缺失、或缺失多少；MMR的高通量测序结果仅能反映其编码基因的变异，不能被直接表述为其编码蛋白是否表达、表达或修饰转运是否有误、蛋白功能是否已受损。

         基因检测报告药物使用等级是这样的，这对于选择药物很重要的。药物等级证据参考美国病理学会（AMP）、美国医学遗传学和基因组学学会（ACMG）、美国临床肿瘤学会（ASCO）和美国病理学家学会（CAP）共同参与制定的癌种变异解读指南和标准（2017年版），根据生物标志物在诊断、治疗和预后的证据级别，共分为LevelA-D 4个等级；Level A：FDA / NMPA批准或专业指南推荐对某特定肿瘤作为治疗有响应或耐药、诊断或预后的生物标记；Level B：取得该领域专家共识，良好的动力学研究预测对治疗有响应或耐药，或对某疾病的诊断、预后意义；Level C：FDA / NMPA或专业协会/指南批准用于其他肿瘤类型治疗响应或耐药，或已作为临床试验的筛选入组标准，或基于多项小型研究具有诊断或预后意义；Level D：临床前研究显示可能具有治疗意义，对于生物标志物本身或与其他生物标志物一起，基于一些小型研究或未达成共识的多个案例报道，可能有助于疾病诊断或预后意义。

        对于基因检测，至此应该有个大致了解了吧。咱们再说说靶向治疗是怎么回事？

        靶向治疗针对与癌症相关的特定分子进行精准击杀，就像战场上的狙击手。首先要通过基因检测，确定患者体内癌细胞的分子类型，确定癌细胞信号通路中某些基因的扩增、突变、表达状态，选择合适的靶向治疗药物，即时判断用药效果，适时调整进而最大限度提高治疗效率。

        肿瘤个体化治疗终会成为肿瘤治疗的必然发展趋势。进入精准医疗时代，靶向治疗/免疫治疗显著提高患者生存期，将恶性肿瘤变为慢性病及追求根治不再是梦想。

        附：FAD获批的生物标志物有PD-L1、 TMB 、MSI-H/dMMR。PD-L1表达检测的金标准是免疫组化，但没有组织样本的时候，也可以通过基因检测来筛查。当检测到PD-L1高表达时，说明肿瘤细胞伪造了大量的PD-L1来蒙蔽了大批量的T细胞，所以当免疫治疗药物解除伪装时，大批量的T细胞能够高效的杀伤肿瘤细胞。因此PD-L1表达越高，免疫治疗效果越好。

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