2013年4月在《自然》发表的美国透明大脑技术CLARITY，受到广泛关注。其本质技术就是将大脑中蛋白和DNA保留的前提下将其他不透明的细胞成分变成透明的物质，这样可以获得一个透明的具有细胞蛋白结构的立体材料，通过不同角度的分析可以获得一种立体的大脑结构，这本质上就好像是一种三维组织处理方法，传统的光学显微镜切片本质上是二维的透明组织处理技术，利用三维大脑结构分析确实能带来非常多的结构信息。最近有科学家利用这种技术开展了更深入研究，探讨这种技术用于开展大脑更多功能的研究，这次研究是分析动物害怕反应和可卡因药物成瘾诱导的反应。证明这种技术能用于神经功能的研究。

最新研究来自斯坦福大学神经科学家Li Ye and 和 Deisseroth。他们建立了一种神经放电促进荧光蛋白表达的动物，也就是说可以用荧光蛋白数量作为记录曾经放电的神经元。然后用电击足底训练4只动物，让动物对电击足底的盒子产生恐惧心理。另外一个动物注射可卡因然后电击。

一旦动物学习掌握了疼痛或药物依赖，研究人员给动物注射药物激活荧光蛋白系统，然后将他们放入盒子，让他们等待一小时以导致大脑内相关神经放电。然后将动物取出制作成为透明大脑，采用图像分析记录荧光蛋白表达的神经细胞，计算机软件将这些图像信息重建到三维大脑结构内，可以显示动物恐惧发生活可卡因注射愿望造成的神经通路。

研究证明透明大脑技术不错，不知道技术复杂程度和成本如何。