一般来讲，进化是从低级向高级，但作为一个整体，复杂生物体自身的分子、细胞或器官，甚至最高级的细胞在整体进化中可能会出现退化的现象。

在分子水平上，人类细胞不能合成许多维生素，如AC和E,这也是为什么这些物质被称为维生素的原因，要知道许多动物特别是肉食动物自身可以合成许多维生素，也是许多动物不需要吃素食的原因。人类缺乏尿酸酶，无法把尿酸降解，因此人类有一种特殊的疾病为痛风。据说正是因为人类缺乏尿酸酶，才导致人类的寿命比许多动物长，因为尿酸具有非常好的抗氧化作用，可以避免各类氧化损伤。

在细胞水平上也有许多类似现象。作为一种进化上最高级别的细胞，神经元，其功能决定了中枢神经系统的功能，但就是这种细胞，如果没有少突胶质细胞协助，无法实现正常的神经冲动传递，如果没有星型胶质细胞协助，正常的能量代谢和许多重要神经递质的合成和处理都无法完成。因此，作为一种细胞，神经元尽管功能十分重要强大，但在生存能力上已经成为一种有缺陷的细胞。红细胞是一种专门负责运输氧气的细胞，为了实现这种功能，这种细胞成熟后线粒体和细胞核等重要细胞器都要去掉。其他的特殊功能细胞也都是这样。进化出新功能意味着失去一些功能。

在器官水平上，人类的尾巴早就消失，进化论当然可以有“用进废退”，其实就是进化上的代价，当然有其他许多器官的功能也逐渐退化，如毛发，阑尾等等。这些器官其实在动物的生存中有重要作用，只是因为随着整体功能的进化，逐渐不在重要，逐渐退化。