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【转载】Paup的功能-from yzwpf
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Paup的功能：
PAUP（简约法和其他方法的亲缘分析）是由简约法、最大似然法和距离法用于亲缘分析的程序，为系统发育分析提供一个简单的，带有菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。
▲ 管理数据（排除元素、删除分类）
▲ 定义假设（增加元素权重、设置元素类型、保存当前假设、重新打开假设）
▲ 查找树（定义最佳标准、定义查找策略）、打印树（显示树、描述树、打印低决议树、打印高决议树）
▲ 设置最优标准为距离依靠法（设置最优标准、显示距离、构建邻位相连树、建立最小平方树）、可能性法（设置最优标准、评价简约性树、设置可能性模式参数、开始查找树）
▲ 在批文件中提交命令
（四）、DAMBE的功能：单倍型归纳，基因频率和碱基组成分析，遗传距离计算，序列排序，其中以单倍型归纳最为常用。
▲ DNA and protein sequence editing DNA和蛋白质序列的编辑
▲ DNA sequence conversion DNA序列的格式转换
▲ Multiple sequence alignment, alignment editing and analysis多序列比对，序列编辑和分析
▲ Phylogenetic tree analysis系统发生树分析
▲ Dot-matrix comparison of DNA or protein sequences DNA或蛋白质的点矩阵比较
▲ DNA sequence assembly and editing DNA序列装配编辑
▲ Generating BLAST documents for accessing the BLAST E-mail Server产生BLAST文档，以供联系BLAST的E-mail服务器
▲ Enhanced motif search in sequence and database在序列和数据库方面增强了主题搜索的功能
▲ Restriction analysis限定分析
▲ Drawing sequence maps with publication-quality 以公众出版物的质量画出序列的分析图
▲ Restriction pattern prediction模式限定
▲ Electronic cloning 模拟的无性繁殖系化
▲ Reconstructing restriction maps from restriction fragments从已定的碎片中重建DNA的限制性分析图
▲ Silent mutation analysis to create/destroy restriction sites沉默的转变分析
▲ Directed mismatch to create/destroy restriction sites有指导的修正错配碱基
▲ Translation and codon usage analysis密码子分析及其翻译
▲ Protein hydrophobic/hydrophilic profile analysis蛋白质亲水/疏水基团的分析
▲ Protein characterization: sequence composition and prediction of isoelectric point.蛋白质描述：序列合成和等电点预测
▲ Protein secondary structure prediction蛋白质的二级结构预测
▲ Reverse translation反转录
▲ Design of PCR and sequencing primers PCR反应的引物设计
▲ Characterization of thermodynamic properties of DNA or primer sequences DNA或引物序列的热力学特征分析
▲ Mispriming analysis底物分析
▲ Management of oligo, DNA and protein databases DNA和蛋白质的数据库管理
▲ Generation of random sequences随机序列的产生
▲ Internet access with integrated Web browser自动连接到你喜欢的因特网浏览器
▲ Multi-processing to unleash computer power计算机扩展
https://blog.sciencenet.cn/blog-4083-8477.html
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PAUP（简约法和其他方法的亲缘分析）是由简约法、最大似然法和距离法用于亲缘分析的程序，为系统发育分析提供一个简单的，带有菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。
▲ 管理数据（排除元素、删除分类）
▲ 定义假设（增加元素权重、设置元素类型、保存当前假设、重新打开假设）
▲ 查找树（定义最佳标准、定义查找策略）、打印树（显示树、描述树、打印低决议树、打印高决议树）
▲ 设置最优标准为距离依靠法（设置最优标准、显示距离、构建邻位相连树、建立最小平方树）、可能性法（设置最优标准、评价简约性树、设置可能性模式参数、开始查找树）
▲ 在批文件中提交命令
（四）、DAMBE的功能：单倍型归纳，基因频率和碱基组成分析，遗传距离计算，序列排序，其中以单倍型归纳最为常用。
▲ DNA and protein sequence editing DNA和蛋白质序列的编辑
▲ DNA sequence conversion DNA序列的格式转换
▲ Multiple sequence alignment, alignment editing and analysis多序列比对，序列编辑和分析
▲ Phylogenetic tree analysis系统发生树分析
▲ Dot-matrix comparison of DNA or protein sequences DNA或蛋白质的点矩阵比较
▲ DNA sequence assembly and editing DNA序列装配编辑
▲ Generating BLAST documents for accessing the BLAST E-mail Server产生BLAST文档，以供联系BLAST的E-mail服务器
▲ Enhanced motif search in sequence and database在序列和数据库方面增强了主题搜索的功能
▲ Restriction analysis限定分析
▲ Drawing sequence maps with publication-quality 以公众出版物的质量画出序列的分析图
▲ Restriction pattern prediction模式限定
▲ Electronic cloning 模拟的无性繁殖系化
▲ Reconstructing restriction maps from restriction fragments从已定的碎片中重建DNA的限制性分析图
▲ Silent mutation analysis to create/destroy restriction sites沉默的转变分析
▲ Directed mismatch to create/destroy restriction sites有指导的修正错配碱基
▲ Translation and codon usage analysis密码子分析及其翻译
▲ Protein hydrophobic/hydrophilic profile analysis蛋白质亲水/疏水基团的分析
▲ Protein characterization: sequence composition and prediction of isoelectric point.蛋白质描述：序列合成和等电点预测
▲ Protein secondary structure prediction蛋白质的二级结构预测
▲ Reverse translation反转录
▲ Design of PCR and sequencing primers PCR反应的引物设计
▲ Characterization of thermodynamic properties of DNA or primer sequences DNA或引物序列的热力学特征分析
▲ Mispriming analysis底物分析
▲ Management of oligo, DNA and protein databases DNA和蛋白质的数据库管理
▲ Generation of random sequences随机序列的产生
▲ Internet access with integrated Web browser自动连接到你喜欢的因特网浏览器
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