博文
【转载】Mega的功能-from yzwpf
|
１Mega的功能：
▲数据输入▲排序功能 数据处理▲密码子分析▲序列综合编辑▲序列阅读▲Substitution Pattern Homogeneity Test 单因子模式替换分析▲遗传距离▲选择测试▲分子钟▲进化树构建▲距离矩阵▲系统树分析
２Bioedit的功能：
序列处理和编辑功能
▲ 用于序列处理和编辑的简单的图形界面
▲ 使用编辑选项包括残基的select and drag 选择和拖动和grab and drag 抓取和拖动变量选择选项鼠标点击插入和删除缺口全框选择全屏编辑中剪切复制和粘贴编辑窗口的自动刷新。
▲ 固定序列框保护排列中的固定残基
▲ 自动的和手动的注解序列使用一个模板序列自动注解同
一排列中的其他序列。
▲ 序列分组分为各个颜色编码家族为同步手动排列锁定组
成员。
▲ 根本的多基因树图阅读器支持节点翻转和打印。
▲ 链接多基因树图到排列并保存到BioEdit格式排列文件。
▲ 在ABI自动序列模型377 373 3700中显示打印和编辑
ABI痕迹文件在版本2和3中有SCF文件就象用Licor序列输出文件。
RNA比较分析功能
▲ RNA比较分析工具包括共变，可能配对和互交信息分析。
▲ 使用鼠标指示的动态数据视图的互交信息输出2 D矩阵
图表，关于互交信息矩阵行和框的互交式的1 D图表。
▲ 用BioEdit或GanBank格式保存序列注解信息。
▲ 通过氨基酸翻译排列蛋白质编码核酸序列在排列中搜索
保存的残基寻找好的PCR目标或帮助定义基序。
▲ 在核酸或蛋白质序列中搜索用户定义的基序或用通配符
搜索精确的文本并选择包括或忽略缺口。
▲ 使用自动更新的排列蛋白质全标题和GenBank区域信息进行ClustalW多序列排列。
▲ 基本序列处理在文档之间复制粘贴序列翻译和还原编码
RNA DNA RNA 反转/互补，大写字母/小写字母。
▲ 多文档界面最多同时打开20个文档但是在其他打开的窗口不能设置限制
六框翻译核酸序列为Fasta格式ORF表
用矢量图进行半自动质粒矢量绘图和注解自动酶切位点和位置标记自动多接头视图
和用户控制绘图工具
将质粒文件保存为可编辑的矢量图形文件如位图复制到其他图形程序并可以打印
氨基酸和核苷酸成分摘要和图表
Revert to Saved 恢复保存和undo 撤销功能
编辑氨基酸和核酸序列
简单的指定色彩表编辑蛋白质和核酸序列使用不同的色彩表
排列易感的描影法以信息为根据其中包括排列位置
BioEdit 能够读写GenBank, Fasta, NBRF/PIR, Phylip 3.2 和 Phylip 4格式能够读
ClustalW 和 GCG格式.
10个附加格式的导入输出过滤器使用Don Gilbert的ReadSeq
导入/添加一个文件到最后的另一个文件上(不考虑文件格式)
基本的多文本编辑器
限制性内切酶图谱用于任何或所有形式的翻译复酶和输出选项包括酶的提供者和环状
DNA选项
游览限制性内切酶创造商
自动连接到你喜欢的网页游览器如Netscape 或Internet Explorer。
https://blog.sciencenet.cn/blog-4083-8476.html
上一篇：【转载】分子进化树构建及数据分析的简介+oldfish的批评意见
下一篇：【转载】Paup的功能-from yzwpf
▲数据输入▲排序功能 数据处理▲密码子分析▲序列综合编辑▲序列阅读▲Substitution Pattern Homogeneity Test 单因子模式替换分析▲遗传距离▲选择测试▲分子钟▲进化树构建▲距离矩阵▲系统树分析
２Bioedit的功能：
序列处理和编辑功能
▲ 用于序列处理和编辑的简单的图形界面
▲ 使用编辑选项包括残基的select and drag 选择和拖动和grab and drag 抓取和拖动变量选择选项鼠标点击插入和删除缺口全框选择全屏编辑中剪切复制和粘贴编辑窗口的自动刷新。
▲ 固定序列框保护排列中的固定残基
▲ 自动的和手动的注解序列使用一个模板序列自动注解同
一排列中的其他序列。
▲ 序列分组分为各个颜色编码家族为同步手动排列锁定组
成员。
▲ 根本的多基因树图阅读器支持节点翻转和打印。
▲ 链接多基因树图到排列并保存到BioEdit格式排列文件。
▲ 在ABI自动序列模型377 373 3700中显示打印和编辑
ABI痕迹文件在版本2和3中有SCF文件就象用Licor序列输出文件。
RNA比较分析功能
▲ RNA比较分析工具包括共变，可能配对和互交信息分析。
▲ 使用鼠标指示的动态数据视图的互交信息输出2 D矩阵
图表，关于互交信息矩阵行和框的互交式的1 D图表。
▲ 用BioEdit或GanBank格式保存序列注解信息。
▲ 通过氨基酸翻译排列蛋白质编码核酸序列在排列中搜索
保存的残基寻找好的PCR目标或帮助定义基序。
▲ 在核酸或蛋白质序列中搜索用户定义的基序或用通配符
搜索精确的文本并选择包括或忽略缺口。
▲ 使用自动更新的排列蛋白质全标题和GenBank区域信息进行ClustalW多序列排列。
▲ 基本序列处理在文档之间复制粘贴序列翻译和还原编码
RNA DNA RNA 反转/互补，大写字母/小写字母。
▲ 多文档界面最多同时打开20个文档但是在其他打开的窗口不能设置限制
六框翻译核酸序列为Fasta格式ORF表
用矢量图进行半自动质粒矢量绘图和注解自动酶切位点和位置标记自动多接头视图
和用户控制绘图工具
将质粒文件保存为可编辑的矢量图形文件如位图复制到其他图形程序并可以打印
氨基酸和核苷酸成分摘要和图表
Revert to Saved 恢复保存和undo 撤销功能
编辑氨基酸和核酸序列
简单的指定色彩表编辑蛋白质和核酸序列使用不同的色彩表
排列易感的描影法以信息为根据其中包括排列位置
BioEdit 能够读写GenBank, Fasta, NBRF/PIR, Phylip 3.2 和 Phylip 4格式能够读
ClustalW 和 GCG格式.
10个附加格式的导入输出过滤器使用Don Gilbert的ReadSeq
导入/添加一个文件到最后的另一个文件上(不考虑文件格式)
基本的多文本编辑器
限制性内切酶图谱用于任何或所有形式的翻译复酶和输出选项包括酶的提供者和环状
DNA选项
游览限制性内切酶创造商
自动连接到你喜欢的网页游览器如Netscape 或Internet Explorer。
https://blog.sciencenet.cn/blog-4083-8476.html
上一篇：【转载】分子进化树构建及数据分析的简介+oldfish的批评意见
下一篇：【转载】Paup的功能-from yzwpf
