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[转载]生物医学大数据平台——UK Bio-bank

已有 3720 次阅读 2022-4-19 21:13 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

生物医学大数据平台——UK Bio-bank


供稿人:邓桦  供稿时间:2020-11-13   关键字:UK  Bio-bank计划  健康医疗档案  信息库  


http://www.istis.sh.cn/list/list.aspx?id=12879


生物医学的发展已经进入由大数据驱动的时代。国际上有诸多生物医学大数据平台,其中极具影响力且规模最大的数据平台是UK Bio-bank,中文可被译为英国生物银行。


1、UK Bio-bank介绍

UK Bio-bank计划最早于1999年被提出,是由英国政府发起成立的一项预计历时30年的研究项目。这一项目的研究宗旨是:为研究“遗传和环境因素共同作用对患病风险影响”的科研人员提供研究所需数据,构建世界上基因和环境因素信息最全的大规模人类信息资源库,用以探求基因、生活方式和健康之间的关系,提高对一系列严重和威胁生命的疾病的预防、诊断和治疗(如:癌症、心脏病、中风、糖尿病、关节炎、骨质疏松症、眼睛疾病、抑郁症和各种形式的疾病痴呆症),促进对人类疾病病因的理解、提高人类生命质量。该项目已经在英国境内采集40至69岁人群中50万份志愿者(约英国总人口的0.8%)的基因信息和血液样本,还有他们的生活方式(包括饮食结构,睡眠和药物使用等)及环境暴露的数据,并跟踪记录志愿者之后数十年的健康医疗档案信息。研究期间,所有疾病、药品处方以及志愿者中的死亡情况等都被记录在库。

2、UK Bio-bank监管

UK Bio-bank是一个国家主要的乃至国际层面的卫生资源系统,还是一个注册的慈善机构,最早由维康信托基金会,医学研究理事会,英国卫生部,苏格兰政府和西北地区开发署共同建立。它有来自威尔士政府,英国心脏基金会,英国癌症研究和英国糖尿病研究基金会等机构组织提供资助维持其运转,并得到英国国家卫生服务局的支持。这个资源库主要供给英国国家卫生服务局使用,并接受国家卫生服务局的管理。

3、UK Bio-bank运行

2006至2010年期间,UK Bio-bank已成功采集到超过50万名志愿者的健康数据,并成为全球规模最大的人体生物健康信息库。作为非营利性慈善机构(初始资金约为6200万英镑)。在保护志愿者隐私的前提下,UK Bio-bank的信息数据对世界范围内的研究人员开放。各国研究人员需在经过伦理委员会和政府理事会批准提交的使用申请通过后,支付约2000英镑可获得所申请的数据。

4、UK Bio-bank推行的项目

UK Bio-bank已经为基线测量(如眼睛测量和唾液样本)提供了额外的资金支持,并对该项目持续资助至2022年,用于样本存储,并开发允许科学家使用在线访问资源设施。除了基线评估期间收集的信息外,10万名UK Bio-bank参与者佩戴了一周24小时活动监测仪,其中2万人进行重复实验。该实验的目标是需要完成一个在线问卷调查计划,问卷涉及记录有效参与者的生活方式,包括记录饮食、认知功能、工作史和消化健康等数据。

UK Bio-bank正在进行的另一项研究是:扫描10万名参与者的大脑、心脏、腹部、骨骼和颈动脉,收集图像数据。这项研究可以与UK Bio-bank正在着手建立电子健康档案进行关联,最终可以利用正在开发的算法,用以准确识别疾病或可通过算法了解到引发疾病的原因。

还有,对所有50万名参与者进行基因分型,这些数据正被用于健康研究,如葛兰素史克和美国制药公司再生元(Regeneron)已将数据成功地应用于外显子序列分析。这些获准使用数据的巨头公司的科研人员进行数据分析后,有义务将分析结果返还给UK Bio-bank,以便分享给更多的国际科学研究者们。UK Bio-bank正在全方位、多尺度的测量与收集志愿者的各种数据,建立生物医学大数据的共享平台,并通过类似数据中介的方式,提供数据输入输出的流通,为人类健康提供信息资源。

当前,在新冠肺炎疫情全球蔓延的情况下,UK Bio-bank也开展了与此相关的研究项目。UK Bio-bank每月从大约2万多人身上采集至少6个月的血液样本进行血清测试,以确定英国不同地区过去感染SARS-CoV-2的程度。志愿者的选取特征从以下6个维度开展:性别、年龄、种族、地区、居住地(城市/乡村)、汤森剥夺指数。新冠病毒感染的结果以周报形式在UK Bio-bank官方网站公布。

注:汤森剥夺指数,英国经济学家汤森提出“相对贫困”理论,为更好地测量贫困,汤森采用了贫困剥夺标准,即根据资源不同程度的剥夺水平,提供一个贫困的客观评估方法。汤森认为大多数人将贫困局限于个人收入忽略福利的多样性,这样会对贫困的定义有失偏颇。他认为社会成员是否处于贫困取决于社会活动、习俗、文化能力所决定,这种能力得自于一个复杂的资源分配与再分配的系统。因此,他编制包括饮食、衣服、燃料、住房、娱乐等在内的60个指标清单、按其重要程度被赋予不同指数。后汤森将清单简化为13条,包括饮食、衣着、住房的环境、工作的条件与福利、娱乐、健康和社会关系等。依据社会所要求的平均生活水平,汤森用货币评估出每一个指标的价值,并分别计算出它的客观主观剥夺指数。

参考信息:

[1] https://www.ukbiobank.ac.uk/about-biobank-uk/ 

[2] 杨立雄, 谢丹丹. “绝对的相对”抑或“相对的绝对”[J]. 财经科学, 2007(226): 59-66.

 




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