2021年9月20日，福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/农学院麻类研究室在国际期刊《Tropical Plant Biology》（热带植物生物学）（IF=1.512）在线发表了题为“Development of Genome-wide SSR Markers for Physical Map Construction with PCR-based Polymorphic SSRs in Jute (Corchorus Spp.)”的研究论文。

黄麻（Jute）是一年生草本韧皮纤维作物。在世界范围内，黄麻的产量和种植面积仅次于棉花，是麻纺工业的重要原料，其纤维产量占世界上麻类纤维总产量的80%。除了利用麻纤维，黄麻多功能用途还拓展到菜用、盐碱地修复用、茶用、重金属吸附用等。

开发重复性和稳定性好的SSR分子标记，对于黄麻遗传多样性研究、重要性状的遗传基础剖析及分子标记辅助育种等具有重要意义。该研究基于圆果种黄麻和长果种黄麻的参考基因组序列（Zhang et al. 2021，文献1），分别鉴定出154715和160173个SSR；基于编码序列(CDS)，分别挖掘出6337和7012个SSR，密度分别为187.6 SSR/Mb和185.01 SSR/Mb。在基因组和CDS的SSR中，12bp是最常见的重复长度。基因组序列中的SSR以二核苷酸和四核苷酸为主，而CDS序列以三核苷酸为主。对于不同类型的SSR重复基序，随着重复基序的数量增加，其在基因组和cDNA的SSR分布频率逐步降低。ATT和AT基序在基因组的SSR中最常见；AG和CTT在CDS的SSR中普遍存在，而GC和CGC基序不常见。

继而，该研究以圆果种黄麻为参考基因组，整理课题组前期发表的基于PCR的多态性SSR标记（文献2-8），构建了一个包含535个多态性SSR标记的物理图谱。该图谱不同染色体的SSR分布统计显示，Ch4的SSR标记数量最多(104个)，随后依次是Ch2(83个)、Ch6(79个)、Ch3(77个)、Ch7(73个)、Ch5(64个)和Ch1(55个)。

福建农林大学农学院麻类研究室博士研究生Sylvain Niyitanga和硕士研究生姚嘉瑜为论文的共同第一作者，张立武教授为通讯作者。研究得到国家自然科学基金项目（31771369）和国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-16-E06)等经费资助。

原文链接：

https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12042-021-09301-7

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