基金项目给予的方式基本上有两种：一种是基于同行评议的优先资助方式，一种是基于对科学家业绩或从事方向的“因人设项”方式。这两种方式各有其优缺点，有互补作用。

    基于同行评议的优先资助方式就是申请人准备申请书，审批机构找专家评议，按照项目的先进程度进行打分或排序，选择靠前的项目优先资助。这种方式看起来是公平一些，但仍然有其内在的劣势，那就是不论是申请者还是评审者都要花费大量的时间和精力，这对于评审机构也是一种花费较大的运作方式，值得注意的是，它仍然避免不了一些偏见偏向、徇私舞弊和不公平现象，甚到还可能发生剽窃创意事件（有些领域或方向很小很专门）。更重要的是，这种方式对于那些创新力度较大，以至于“离经叛道”的项目难以获批。

    基于科学家业绩或从事方向的“因人设项”方式一般优先资助那些一向业绩卓著的科学家，或者上升较快的青年才骏，或者寻求边缘学科或跨学科的方向、战略重要性的方向项目加以资助。这要求资金给予部门要有专业的人员加以鉴别，或者需要经常性地阅读期刊和科学类新闻、参加学术会议，或者参加一些科学家之间的非正式的社交聚会，咨询资深科学家或科学家领袖。这种资助方式的优点和缺点一样显而易见。例如是否给予取决于少数项目管理者的个人判断，覆盖面要小，但能对创新性甚强的课题给予资助，而且可以节省大量的项目申请书撰写和评审的时间和精力，这对于科学家来说是莫大的财富。