美国哈佛大学化学家Martin Karplus生物分子的分子动态模拟先驱

分子动态模拟又称分子动力学模拟(molecular dynamics simulation，MD simulation)，是按时间序列描述分子中每个原子的运动轨迹，模拟分子各种层次上的运动行为，探索各种分子内部变化的计算机模拟方法。当前分子动态模拟研究所涉及的领域已经涵盖了生物技术、材料设计、生物芯片等研究前沿和热点。分子动态模拟已成为生物大分子功能研究的重要手段。

Martin Karplus

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Martin Karplus, Michael Levitt and Arieh Warshel
Photo: Wikimedia Commons

2013 Nobel Prize in Chemistry

The Nobel Prize in Chemistry 2013 was awarded jointly to Martin Karplus, Michael Levitt and Arieh Warshel "for the development of multiscale models for complex chemical systems".

http://www.nobelprize.org/

分子模拟，早期溯源可以直追20世纪30年代，Andrews提出分子力学的基本思想；实际发扬广大，其实要到1980s。分子力学成为独立二级学科，其理论奠基的标志事件是：1980年Peter Kollman发表了第一个AMBER力场和1981年Journal of Computational Chemistry杂志创刊。分子模拟的第一次高潮，真正进入应用阶段是1983年：Martin Karplus发布了分子力学与分子动力学模拟程序CHARMM；Michael Connolly发表了蛋白质和核酸分子计算溶剂可及表面的方法；Michael Levitt完成了第一例核酸的分子动力学模拟。稍后的1984年，Peter Kollman发表了分子力学与分子动力学程序AMBER，既是第一次高潮的收束，也正式标志着计算化学中量子化学之外的另一重要分支---分子模拟基本框架成功建立。

黑宝书(评论: 分子模拟的原理和应用)