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最大的CRISPR-Cas9突变研究为基因编辑创造了预测工具

已有 3342 次阅读 2018-11-28 18:43 |个人分类:科学感想|系统分类:论文交流

CRISPR-Cas9*是一种基因编辑技术,使研究人员能够在基因组的任何位置切割DNA,产生突变并关闭特定的基因。一个特定的引导RNA结合到一个精确的目标DNA序列,引导Cas9的“剪刀”在正确的位置切割DNA。然而,很难准确预测最终的突变是什么,因为当细胞修复断裂,重新连接DNA的两个切割端时,经常会发生进一步的变化。为了研究这一点,研究人员创建了40000多对不同的靶DNA和引导RNA,并进行CRISPR-Cas9基因编辑。通过对不同细胞中每对DNA的深度测序,他们能够详细分析DNA是如何被切割和重新连接的。这个名为FORECasT的程序使他们能够单独使用目标DNA序列来预测修复的序列。精确突变。

Wellcome Sanger研究所的研究人员编辑了40000个不同的DNA片段,并分析了上亿个产生的DNA序列,以揭示基因编辑的效果并开发出结果的机器学习预测工具。这将帮助正在使用CRISPR-Cas9的研究人员研究疾病机制和药物靶点。

今天在《自然·生物技术》(11月27日)杂志上报道,这种新的资源将使科学家能够预测针对CRISPR-Cas9基因的最佳序列,从而使CRISPR-Cas9基因编辑更可靠,因此更便宜,更有效。


Largest study of CRISPR-Cas9 mutations creates prediction tool for gene editing

https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127131535.htm


Felicity Allen, Luca Crepaldi, Clara Alsinet, Alexander J. Strong, Vitalii Kleshchevnikov, Pietro De Angeli, Petra Páleníková, Anton Khodak, Vladimir Kiselev, Michael Kosicki, Andrew R. Bassett, Heather Harding, Yaron Galanty, Francisco Muñoz-Martínez, Emmanouil Metzakopian, Stephen P. Jackson, Leopold Parts. Predicting the mutations generated by repair of Cas9-induced double-strand breaksNature Biotechnology, 2018; DOI: 10.1038/nbt.4317



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