根据宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院今天在《自然·生物技术》上发表的研究，一种对附着在DNA表面的化学基团进行测序的新方法正在为更好地检测血液中的癌症和其他疾病铺平道路。

宾夕法尼亚州和其他地方的研究人员在过去的二十年里研究了这些DNA修饰，以便更好地理解和诊断一系列疾病，尤其是癌症。在过去的几十年中，破译表观遗传密码的主要方法依赖于一种叫做亚硫酸氢盐的化学物质。尽管亚硫酸氢盐已被证明是有用的，但它也呈现出主要的局限性：它不能区分DNA构建块胞嘧啶的最常见修饰，而且更重要的是，它破坏它所接触的大部分DNA，留下很少的材料在实验室进行测序。

本文描述的新方法基于这样的事实，即一类称为APOBEC DNA脱氨酶的免疫防御酶可以被重新用于生物技术应用。具体而言，脱氨酶引导的化学反应能够实现亚硫酸氢盐所能达到的，但不损伤DNA。

“这项技术的进步为更好地理解复杂的生物学过程铺平了道路，如神经系统如何发展或肿瘤如何发展，”共同高级作者郝武博士，遗传学助理教授说。Kohli的研究生Emily Schutsky是这项研究的第一作者。

使用这种方法，研究小组表明，确定一类神经元的表观遗传密码所用的DNA比亚硫酸氢盐依赖方法所需的DNA少1000倍。由此，新方法还可以区分两种最常见的表观遗传标记，甲基化和羟甲基化。

There's a better way to decipher DNA's epigenetic code to identify disease

https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181008114608.htm

1. Emily K Schutsky, Jamie E DeNizio, Peng Hu, Monica Yun Liu, Christopher S Nabel, Emily B Fabyanic, Young Hwang, Frederic D Bushman, Hao Wu, Rahul M Kohli. Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase. Nature Biotechnology, 2018; DOI: 10.1038/nbt.4204