系统优化属于系统科学的范畴，是对组成系统的各个部分合理地分配资源和任务，使系统更有效地完成目标的研究。虽然都是通过多方参与来共同完成目标，但是他与后两者的区别比较明显。首先系统优化中的参与各方是存在附属关系的，参与者并不是独立的个体，由于不是独立的个体，导致参与方被动地参与，严格执行上层分配的任务，缺少自主性；其次由于系统优化往往具有中心式决策机制；再次，系统优化的目的是为了避免系统各个组成部分重复的工作或者相互间工作无法衔接。另外，系统优化的目标明确程度要高于后两者，往往是存在理论上的最大值。最后系统优化的解决方法是基于问题的模型，采用运筹学等优化方法，而后两者则是通过反复的协商和共享知识，明确各自的角色。

后两者的区别不是十分明显。但是通过下面的解释和举例仍然可以去体会。首先合作对参与其中的个体没有明确的要求，而协同强调个体的正确配置。例如产学研协同创新，仅有产业中几个企业的合作是不能称为协同的；其次，合作一般为框架性的，比较少关注个体如何制定各自的行为。而协同不仅有框架性协议，而且关注个体的行为，强调个体间的影响，协同强调对个体间相互依赖性的关注。以写一本书举例来说，A和B合作是说A写安全，B写优化。A和B协同则是A写安全分析方法，而B写基于此方法的案例研究。第三，合作不强调同步性，参与各方可以各自执行，相互等待。协同则强调参与方的紧密配合，更加注重实时性。

通过上面的分析，可以发现：合作/协作的定义范围更宽，而协同在此基础上进一步强调了三点要求。因此协同是一种特殊的合作/协作。