长台大之初，傅斯年即写下一篇影响很大的长文，题为《中国学校制度之批评》。在文中，傅大声疾呼：“我们不可再不问不思的一味因袭旧脾气，因为实在因袭不下去了。”哪些是不可因袭的旧脾气？他列举了“科举遗毒”、“官样文章”、“唯名主义”等等。文章不仅对变相科举式的学校制度痛加批判，也对学校教育中的“抄袭外国”深表不满，他认为，“抄袭”是不用花气力的，随随便便，越是外国的短处越是容易学；而“模仿”则不然，“模仿”需要消化，需要用深心。傅以为，日本是“模仿”，中国只是在“抄袭”！如何去“模仿”去学习？“我以为学外国是要选择学的，看看我们的背景，看看他们的背景。……完全求合于当前的环境，便不能促成进步，完全是理想，便无法实行，当然混合一下才好。”在这篇论文中，傅对大学与专科学校的区别及存在的弊病亦有精辟的见解：1、大学万万不可揉杂职业学校的用意；2、大学是以学术为本位，专科是以应用为本位；3、大学的教学必然与专科大不同，而中国的专科好摹仿大学，这是无益的，同时多数大学的多数部门也不过是专科程度，偏又不能作到专科学校的实践性。

傅任台大校长后，一些有着什么“委员”什么“长”头衔者希望能在台大兼职或任教，几乎全被拒绝。傅吝啬于教师、研究人员称号的给予一向是出了名的。熟悉他的人常告诫求职者：名人推荐函与本人求职信并无区别，如果“名人”是军政界的，常适得其反，关键是拿出过硬的学术成果。

早在1932年，傅在《改革高等教育中几个问题》一文中即提出：“大学以教授之胜任与否为兴亡所系，故大学教授之资格及保障皆须明白规定，严切执行。”但遗憾的是，“今之大学，请教授全不以资格，去教授全不用理由，这真是古今万国未有之奇谈。只是所谓‘留学生’，便可为教授，只是不合学生或同事或校长的私意，便可去之。”对大学教授资格的申请或任用，傅建议设立一个由著名学者专家组织的“大学教授学绩审查会”，对申请者的学术著作进行评审，凡确认有教授资格并为大学所聘用，则受《大学教员保障条例》之保护，大学当局如不能据实指明其不尽职，不能免其职。为避免“一审定终身”，任何人三年内在学术上没有新贡献新成果，则自动失去其被保障的权利。傅认为只有大学教师是合格胜任的才谈得上“学术独立，学院自由”乃至“大学自治”。否则，“无异委国家学术机关于学氓学棍之手，只是一团糟，看他们为自身的利益而奋斗，而混乱而已。”

傅斯年对老子所说：“善用兵者，无赫赫之功；善治国者，无赫赫之名”深为折服，认为办大学也是一个道理。“办学有他的常规，常规是出不了名，说不到功的，等到有了赫赫之名与功，那个办学法就似乎是有些毛病了，比如说，我能盖个大礼堂，我能盖一个纪念馆，我能招致一切有名人物，我能扩张，一句话，热闹得很，这个究竟对于学业或学问的进步有什么用处，很难说的。我不敢说‘善’办学，但‘赫赫’的作风，是我所不取的。我只知道一步一步的实实在在的办，这样也许不能收速效，但速效我是不承认会有的。”傅所说的“正常办法”，对当时一年来学生聚增十倍的台湾大学来说，任何一项“常规”办学都不易实行。为了实现“平淡无奇”的办学理想，首先就要解决学生的生活问题。傅总结为“食、住、衣、书、病”五点。为解决“住”，傅亲自筹建了一批简易平房。有教授讥之：这样的房子免不了要“遗臭万年”的。傅以为宁可让它“遗臭万年”，也要让学生们暂时有一个遮风避雨的场所。“平淡无奇”第二个办法是“加强课业”。傅到台大后立刻就抓的大事之一就是严格考试纪律，从招生开始，他效仿科举时代的“入闱”制，从出题、印刷、考试、评卷都采用隔离手段。台湾大学的“入闱”制，也奠定了台湾长期实行的“大专联考”制度的基础。傅斯年心目中“平淡无奇的教育”的第三方面是提倡各种有益的课外活动，包括各种体育运动，音乐舞蹈游戏，各种美术欣赏……。傅曾将上述努力用一句“平淡无奇”的话概括之，即让学生“有房子住，有书念，有好玩的东西玩。”