“中国生物物理学会代谢组学分会第一次学术会议暨代谢组学2019年国际研讨会”有感

赵秀举

一，大咖和才俊云集
英国Jules Griffin，
复旦金力（丁琛，代），
美国韩贤林，
加拿大厉良，
日本Masanori Arita，
大连化物所徐国旺，
十来个顶级期刊论文的通讯作者，首台（套）仪器发明人，重点/重大项目负责人，
二十来个顶级期刊论文的一作，一流期刊论文的通讯作者，重点/重大课题负责人。

二，代谢组学数据采集
核磁共振（NMR）代谢物浓度与氢原子浓度成线性关系【无偏】，但灵敏度低；色谱质谱（XC-MS）灵敏度高，但衍生化等效率不尽相同【有偏】，因此最好先做NMR，再做XC-MS。
初生代谢物和次生代谢物，同时测定，同时分析。
代谢物鉴定、浓度和流量，同时测定，同时分析。

代谢组学的数据是不充分的，最好有验证或者互补数据。

三，代谢组学数据分析
主成分分析（PCA）、（正交化）偏最小二乘（O）PLS，需要同时满足①多重共线性②变量数＞＞样品数③多元正态分布；不满足以上条件，建议选用其他方法。
判别分析是定性的回归分析，建议优先使用回归分析，因变量可以定量，也可以定性；PLS(Y=class)就是PLS-DA；有多个组时，可以用PLS（Y=class）计算得分【此时不做载荷图】，但不用PLS-DA。

同时回归（相关）分析的自由度是Σ（求和）-2，不是min（最小值） - 1。使用t检验进行均值比较，自由度的确定依据样本量和方差来确定，详细见生物统计学《生物统计学》教材提纲——试验设计数据分析、计量经济学与流行病学有关教材。
有多个组时，先所有组定性PLS，再两个组的定性PLS。

跨学科和学科交叉，是新见识的增长点。但是，传统流行病学（人多、指标相对少），进入代谢组学（化合物信号多、样品相对少），容易出现问题；传统生物学，包括代谢组学，由于样品量少，不满足正态分布，又不会其他分布，因而不加验证或强行用正态分布的分析方法（例如t检验）。样本量，少了不行，多了也可能有问题。

四，疾病和药物代谢组学
疾病和药物代谢组学，需要明确研究的水平【生化、酶学、细胞、类器官、动物、一二三四期临床；肿瘤干预仅仅在细胞及之下水平有效果，意义甚微】；同时往往涉及人类遗传资源。

人类遗传资源的收集保藏和国际合作，需要依照412号国务院令、国办办法和科技部通知，办理行政许可。
人类遗传资源管理条例（征求意见稿/送审稿），规定设立收集保藏单位和国际合作中方机构，外资不得控股。伦理专家建议，外资不得参股。医药公司反对收集保藏单位设立行政许可。当年作者建议国家临床医学中心，免于办理收集保藏的行政许可。不同主体意见分歧严重，条例从2005年立项起草，至今没有出台。
根据立法法和行政许可法，国务院决定设立的行政许可，施行五年，国务院应当制定行政法规或提请全国人大常委会制定法律，或者宣布设立决定失效。

参考文献

SIMCA-P 11 USER GUIDER

Letter to JPR (unsubmitted)

博士学位论文答辩PPT

BRMI: 850802

李春喜，等。生物统计学（第五版），科学出版社。

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