激光共聚焦显微镜有激发针孔（excitation pinhole）和探测针孔(detection pinhole), 激发针孔和探测针孔共轭(共焦), 共焦点即被探测点，被探测点所在的平面为共焦平面。激发光经激发针孔后成为点光源，然后通过二色镜反射和物镜聚焦点状照射在样品上，样品被激发产生的发射光经同一物镜，聚焦在探测针孔。探测针孔后面是光电倍增管，非焦平面的光就不能通过针孔（pinhole）被光电倍增管检测。

  激光共聚焦显微镜的针孔（Confocal pinhole）一般指探测针孔(detection pinhole)，Confocal pinhole的直径一般自动设置成和艾里斑（airy disc）直径一致。艾里斑是点光源通过理想透镜成像时，由于衍射而在焦点处形成的光斑。中央是明亮的圆斑，周围有一组较弱的明暗相间的同心环状条纹，把其中以第一暗环为界限的中央亮斑称作艾里斑。这个光斑的大小可以用下面的公式来估计：r(airy)=0.61 λ_exc/NA(_obj)

Confocal pinhole size=1 airy disc=best signal to noise ratio

激光共聚焦显微镜的针孔和艾里斑的直径大小一样，将有84%的聚焦光到达光电倍增管，图像的信噪比最好。Confocal是逐点激发和逐点检测，因此有更窄的点扩散函数（Point spread function, PSF.

Confocal侧向分辨率高于一般的光学显微镜，r(lateral)=0.61 λ_exc/NA(_obj), 物镜的轴向分辨率不如侧向分辨率，r(axial)=1.4 λ_excn/NA(_obj)²

     小的针孔将有更好的Z轴分辨率，但需更强的信号。