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PA01基因敲除求助~~+结构修正新得

已有 5785 次阅读 2010-7-11 10:43 |个人分类:未分类|系统分类:科研笔记

好久没上来写东西了,最近有点小忙~ 总算得闲,过来舒舒。

嗯,最近呢,结构修的差不多了,接下来就看生化喽,虽然生化现在正在遭遇瓶颈~~ 也还是要加油啊~~

说到生化呢,现在有一问题要咨询各位大侠,有没有人做过PA01的基因敲除啊,现在很迷茫的说,对于要用的载体啊,抗性基因来源啊,培养方法啊什么的都很have no clue~~ 盼有人提供点意见,哪怕是告诉一下去哪里查到系统的资料也好啊~~

提前谢过各位~~

然后嘞, 是关于结构修正的,不是说前一段老phenix一修R-Free就升高嘛, 后来有尝试过NCS修正和加水修正。NCS 修呢,r-factor整体会比没有加NCS 要高,所以abandon啦。后来加水修正之后好多啦;然后又把水删掉,用CNS做了一下模拟退火,现在除了一个所有链都有的outlier已经基本没事了,再加上水就可以了。

关于加水呢,有两种方式,一种是用phenix加水,另一种是用cns加水。phenix修正加水会使rfree 稍升高,CNS 加水的功能又不如phenix强大。有一种compromise呢是用phenix只加水,不修正。不过我看了phenix tutorial 也没有发现那个命令~~ 各位大侠有没有知道的啊? 据我们老板说可以编辑phenix命令脚本里面的macro-molecule等于0 可是我不知道怎么看那个脚本~~ 求教各位~~

quesitions ARE :

1. PA01 敲除的clue?

2。 phenix 只加水,不修正如何达到?

感谢指教!!



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