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文中有一段是说结构生物学的:标点稍有修正
蛋白质晶体学是利用X射线对于晶体的衍射分析进行生物大分子及其复合物的原子水平三维结构研究的通称,它目前是结构生物学的最重要组成部分,因为80%以上的蛋白质与复合物都是利用晶体学解出的(图3)。 蛋白质晶体学的研究对象是一切具有重要生物学功能(包括尚属未知)的、可以被提纯、结晶的大分子或大分子复合物。 蛋白质晶体学最重要、往往也是最困难的步骤是得到可以衍射的晶体;然后需要解决所谓“相位问题”(phase problem)。晶体学从头解决原子结构需要利用数学中的傅里叶变换(或称傅氏变换)。傅氏变换计算物质三维原子结构(电子密度图)需要振幅及相位角(相角)两个参量。振幅可以从晶体衍射数据中直接得到,而相角却不能简单地测量出来。这就是晶体学中的著名的“相位问题”。解决相位问题也至少获得过两次诺贝尔化学奖(小分子的结构解析,也就是相位解析可以利用所谓“直接法”,而大分子则不能)。大分子相位问题的解决常常是很困难的,大分子复合物越大“相位问题”解决起来就越困难。
镜某从前讲过:蛋白质晶体学是“用错了名称”。叫法的问题,大家习惯了也就无所谓了。但是知道这个
名称不符在认识蛋白质晶体学上会有帮助。小布拉格时代的
X射线晶体学是原装意义上的“晶体学”。而小布拉格开拓的这个新领域到了蛋白质大分子的时候,就不再是什么“晶体学”了。“最困难的”样品
结晶过程,不过是为了获得蛋白分子结构
“借尸还魂”的道具,与
X射线晶体学是原装意义上的“晶体学”基本上没有关系了。与人们熟知的半导体
晶体、集成电路、发光二极管等等的
晶体更是没有一毛钱的关系。
“大分子
相位问题的解决常常是很困难的,大分子复合物越大“相位问题”解决起来就越困难”。这个说法也已经是
“过去式”了。至少在2009年苏老师发文的时代是如此。因为世界上几乎不可能有
越困难越红火的行业。能红起来的原因不外乎是变得相对容易了、廉价了。事实上计算速度的变快、各种复原计算代码的开发,使得解决起来很困难的
相位问题不再是个问题;同步辐射的衍射实验,也为计算物质的三维原子结构提供了高质量的原始数据。
在这个的背景下,说
蛋白质分子学是个routine work很过分么?倒是制作蛋白质晶体的工作是个具有“艺术性”的工作。这是个比手艺、比尺寸大小的工作。镜某做过马尿酸钠的结晶。一个班的学生用同样的道具、同样的原料、同样的手续长晶体,但是得到的结果——晶体却很不一样!做马尿酸钠结晶比起人们关心的蛋白质晶体来,简直就是小儿科了。但是镜某知道,长蛋白质晶体不能是个routine work(虽然有人试图把它变成routine work)。因为晶体成功的方策往往需要人去试。
那个谁谁,问题“说透”了么?
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就“是”论事儿,就“事儿”论是,就“事儿”论“事儿”。